Alerte sanitaire · 1 octobre 2026
COVID-19 au Congo : des rongeurs urbains infectés par le SARS-CoV-2 dans des établissements de santé à Brazzaville
Une étude scientifique menée à Brazzaville révèle pour la première fois en Afrique la présence du virus du COVID-19 chez des rats et des souris capturés au sein d'établissements de santé. Cette découverte souligne le risque de constitution de nouveaux réservoirs animaux et rappelle l'importance d'une surveillance sanitaire intégrée selon l'approche « One Health » (Une seule santé).
Par Africa Medical Data
Une première preuve d'infection naturelle des rongeurs urbains en Afrique
Une recherche scientifique publiée dans la revue One Health Outlook par une équipe de chercheurs de l'Université Marien Ngouabi, du Laboratoire National de Santé Publique de Brazzaville et de l'Institut de Recherche pour le Développement (IRD) met en lumière la circulation du SARS-CoV-2 chez la faune murine urbaine en République du Congo.
Entre avril et décembre 2022, les chercheurs ont capturé 96 rongeurs dans trois structures sanitaires majeures de la capitale congolaise impliquées dans le dépistage et le traitement des patients atteints du COVID-19 : le Centre Hospitalier Universitaire de Brazzaville (CHU-B), la Clinique Municipale Albert Leyono (CMAL) et le Laboratoire National de Santé Publique (LNSP)
Une exposition globale atteignant 15,6 % de la population capturée
Les analyses virologiques et sérologiques réalisées sur les animaux ont mis en évidence une exposition notable au virus :
Détection de l'ARN viral par RT-qPCR : L'ARN du SARS-CoV-2 a été identifié dans les prélèvements intestinaux de 9 rongeurs sur 96, soit un taux d'infection active de 9,4 %.
Présence d'anticorps spécifiques : Les tests sérologiques par immuno-essai multiplexé ont révélé que 9 rongeurs (9,4 %) possédaient des anticorps IgG dirigés contre les protéines du SARS-CoV-2.
Taux d'exposition combiné : En croisant les données moléculaires et sérologiques, 15 des 96 rongeurs (15,6 %) ont présenté des preuves d'exposition récente ou passée au virus.
Les espèces chez lesquelles l'infection a été confirmée comprennent le rat noir (Rattus rattus), le rat asiatique des maisons (Rattus tanezumi) et la souris domestique (Mus musculus). L'ensemble des rongeurs testés positifs par RT-qPCR étaient des individus juvéniles, ce qui suggère une susceptibilité accrue ou une persistance virale plus longue chez les jeunes animaux dont le système immunitaire est encore immature. De plus, aucun des rongeurs infectés ne présentait de signes cliniques macroscopiques, confirmant la possibilité d'infections asymptomatiques en milieu naturel.
Diversité des variants en circulation et mutations adaptatives
Le séquençage partiel du gène de l'ARN-polymérase dépendante de l'ARN (RdRp) et l'analyse phylogénétique ont révélé la présence de plusieurs variants ayant largement circulé au sein de la population humaine en Afrique. Les chercheurs ont identifié des lignées rattachées aux clades d'Omicron 21K (BA.1.1) et 22B (BA.5.1.34), aux clades 20B et 20G, ainsi qu'à une forme recombinante XDD.3.
L'étude a également mis en évidence plusieurs mutations spécifiques dans la région catalytique et les domaines fonctionnels de la protéine RdRp des virus détectés chez les rongeurs. Ces mutations adaptatives pourraient refléter une compatibilité progressive du virus avec les facteurs cellulaires murins, favorisant sa persistance et sa diversification intra-hôte.
Voies de transmission et vulnérabilité de l'environnement hospitalier
Selon les auteurs de l'étude, la contamination des rongeurs s'est produite de manière indirecte au contact de l'environnement hospitalier. Attirés par la nourriture et la recherche d'abris, les rongeurs s'infiltrent dans les bâtiments de soins et les dépotoirs d'ordures à ciel ouvert à proximité des hôpitaux.
Ils y entrent en contact avec des surfaces contaminées, des équipements de protection individuelle usagés (tels que des masques et blouses jetés) ou des eaux usées contenant des particules virales rémanentes.
Appel à une vigilance renforcée et à l'approche « One Health »
Cette étude apporte la première preuve formelle de l'infection naturelle par le SARS-CoV-2 chez des rongeurs urbains en Afrique. La circulation active du virus chez des animaux commensaux vivant à proximité immédiate de l'homme soulève des inquiétudes quant au risque de création de réservoirs animaux permanents. De tels réservoirs pourraient favoriser l'émergence de nouveaux variants susceptibles de réinfecter les populations humaines ou d'autres espèces animales.
Face à ces constats, les scientifiques recommandent le renforcement strict des systèmes d'hygiène et de gestion des déchets dans les établissements de santé. Ils préconisent également une surveillance épidémiologique continue de la faune urbaine et péri-urbaine dans le cadre d'une stratégie intégrée « One Health », associant santé humaine, santé animale et gestion de l'environnement afin d'anticiper de futures résurgences épidémiques.
Sources
- One health outlook (29 septembre 2026)