Coproculture bactérienne
Examen biologique : Microbiologie bactérienne. La coproculture bactérienne est un examen de selles destiné à rechercher des microorganismes pouvant provoquer des symptômes et une maladie gastro-intestinaux. Elle est surtout documentée lorsque la diarrhée est sévère, sanglante ou fébrile, persistante ou récidivante, ou lorsqu'une infection bactérienne invasive est envisagée.
À quoi sert cet examen
La coproculture bactérienne recherche dans les selles des microorganismes capables de provoquer des symptômes et une maladie gastro-intestinaux [s5].
Elle est indiquée par les recommandations IDSA lorsque la diarrhée s'accompagne de fièvre, de selles sanglantes ou mucoïdes, de crampes ou d'une sensibilité abdominale sévère, ou de signes de sepsis; les agents cités comprennent notamment Salmonella, Shigella, Campylobacter, Yersinia et les Escherichia coli producteurs de shigatoxines [s4].
La fiche MedlinePlus décrit aussi l'examen pour une diarrhée sévère ou sanglante avec fièvre, ou une diarrhée qui ne disparaît pas ou récidive [s5].
La culture d'un isolat peut être nécessaire après un test moléculaire positif pour permettre la surveillance des épidémies ou une étude de sensibilité antimicrobienne lorsque cela est requis [s4].
Le contenu exact d'une coproculture dépend du laboratoire: une culture de selles de routine vise généralement Salmonella, Shigella, Campylobacter et E. coli O157 ou les E. coli producteurs de shigatoxines, mais cette composition doit être confirmée localement [s4].
Valeurs de référence
| Situation [s5,s6] | Résultat attendu ou rendu [s5,s6] |
|---|---|
| Aucune bactérie entéropathogène isolée [s5,s6] | Aucune bactérie anormale dans l'échantillon; la liste des organismes testés peut être rendue comme « non isolé » [s5,s6] |
| Bactérie entérique isolée [s6] | Identification confirmée au niveau de l'espèce si possible, ou classification taxonomique la plus proche si nécessaire [s6] |
Le laboratoire fait foi pour le résultat rendu, car les organismes recherchés et les modalités de culture varient selon le laboratoire et la demande clinique [s1,s4,s6].
Interprétation
Une culture sans bactérie anormale correspond à l'absence de bactérie anormale retrouvée dans l'échantillon selon la définition du résultat normal de MedlinePlus [s5].
Si la culture est négative alors que les symptômes persistent et qu'aucune autre cause n'est trouvée, la guideline de Colombie-Britannique recommande de soumettre des échantillons supplémentaires [s3].
Une culture anormale signifie qu'une bactérie ou un autre germe recherché a été retrouvé dans l'échantillon; MedlinePlus indique qu'un tel résultat peut correspondre à une infection intestinale et doit être interprété avec le résultat précis [s5].
Lorsqu'un organisme est isolé, Public Health Ontario indique que l'identification est confirmée au niveau de l'espèce si possible; des résultats de sérotype peuvent être fournis pour certains agents [s6].
Facteurs qui faussent le résultat
L'échantillon optimal est une selle diarrhéique, c'est-à-dire une selle qui prend la forme du récipient; si une selle diarrhéique ne peut pas être recueillie à temps, un écouvillon rectal peut être utilisé pour rechercher une infection bactérienne [s4].
Les selles doivent être recueillies dans un récipient propre et sec, sans contamination par l'urine, l'eau, le papier hygiénique ou le baryum [s1,s5].
La revue de microbiologie recommande de traiter une selle fraîche dans les 2 heures; si ce délai n'est pas possible, elle recommande un milieu de transport Cary-Blair et indique qu'une réfrigération à 4 °C dans ce milieu conserve au mieux les entéropathogènes, à l'exception de Shigella [s1].
La procédure de l'Oregon Health Authority demande de transférer la selle dans un système Cary-Blair dans les 2 heures, de maintenir le transport au froid, d'accepter une conservation à 20–25 °C jusqu'à 24 heures puis à 2–8 °C au-delà, et de ne pas congeler ni exposer à une chaleur extrême [s7].
Public Health Ontario demande de conserver les spécimens à 2–8 °C et de les expédier sur blocs réfrigérants dans les 48 heures; si ce délai ne peut pas être tenu, le spécimen doit être congelé à −20 °C ou moins puis expédié dès que possible [s6].
Ces consignes de conservation ne sont pas interchangeables: le milieu, la température et le délai doivent suivre la procédure du laboratoire destinataire [s1,s4,s6,s7].
Le prélèvement doit être effectué avant l'instauration des antimicrobiens selon la procédure de l'Oregon Health Authority [s7].
Un écouvillon rectal est généralement moins sensible qu'une selle pour la culture; il peut toutefois être acceptable chez les nourrissons ou lorsqu'une selle ne peut pas être recueillie, selon les sources consultées [s1,s4,s7].
La revue consultée indique que le rendement de la culture fécale est faible chez les patients hospitalisés depuis plus de 3 jours, hors C. difficile, et que les patients asymptomatiques avec selles formées ne devraient pas être testés [s1].
Un retard d'acheminement peut compromettre la récupération des pathogènes bactériens; la guideline de Colombie-Britannique demande d'acheminer les selles au laboratoire dès que possible [s3].
Dans les prélèvements associés à une flambée de gastro-entérite, le CDC recommande de réfrigérer ou congeler les tubes après prélèvement et avertit que des bactéries peuvent être dépassées par la flore concurrente si les selles restent plus de 4 heures à température ambiante [s2].
Sources
- Romney M. Humphries; Andrea J. Linscott. Practical Guidance for Clinical Microbiology Laboratories: Diagnosis of Bacterial Gastroenteritis (2015)
- Centers for Disease Control and Prevention. Recommendations for Collection of Laboratory Specimens Associated with Outbreaks of Gastroenteritis (1990)
- Ministry of Health, Province of British Columbia. Infectious Diarrhea - Guideline for Ordering Stool Specimens (2026)
- Andi L. Shane; Rajal K. Mody; John A. Crump et al.. 2017 Infectious Diseases Society of America Clinical Practice Guidelines for the Diagnosis and Management of Infectious Diarrhea (2017)
- MedlinePlus Medical Encyclopedia; VeriMed Healthcare Network and A.D.A.M. Editorial team. Fecal culture (2026)
- Public Health Ontario. Enteric Bacteria (including Salmonella, Shigella, STEC, Plesiomonas, Yersinia, Aeromonas, Vibrio, or Campylobacter) – Culture and PCR (2026)
- Oregon Health Authority; Oregon State Public Health Laboratory. Enteric Pathogen Culture, Bacterial (2026)