Culture de prélèvement ombilical

Examen biologique : Microbiologie bactérienne. La culture de prélèvement ombilical recherche une croissance bactérienne dans un écouvillon du moignon ombilical lorsqu’un nouveau-né présente des signes locaux compatibles avec une omphalite ou un écoulement. Elle complète l’évaluation clinique et peut contribuer à l’identification des bactéries isolées; les résultats publiés varient selon la population, le contexte de soins et la méthode de prélèvement.

À quoi sert cet examen

La culture est un examen microbiologique complémentaire lorsqu’un nouveau-né présente une induration, une érythème, une sensibilité ou un écoulement au niveau du moignon ombilical; l’écoulement peut être prélevé pour culture [s1,s4,s5].

Elle peut aider à isoler et identifier les bactéries présentes dans un prélèvement ombilical et à caractériser leur sensibilité antimicrobienne dans les études qui réalisent cet examen [s2,s6,s8].
Dans l’étude hospitalière ougandaise de Turyasiima et al., seules des cultures d’écouvillons ombilicaux ont été réalisées; l’étude ne recherchait pas une infection systémique par des hémocultures [s6].
L’interprétation doit rester liée à l’examen du nouveau-né et au contexte de prélèvement, car la colonisation du moignon et l’infection clinique ne sont pas équivalentes dans toutes les populations étudiées [s1,s2,s4].

Valeurs de référence

Résultat qualitatif: les études consultées rapportent une culture positive lorsqu’un ou plusieurs isolats sont récupérés; elles ne fournissent pas de plage de référence universelle ni de seuil chiffré pour ce prélèvement [s2,s6,s8].

Interprétation

Une culture positive indique la récupération d’un ou plusieurs microorganismes dans le prélèvement; elle ne suffit pas, à elle seule, à qualifier la gravité clinique ou une atteinte systémique [s1,s2,s6].
Dans une étude hospitalière de 65 nouveau-nés avec omphalite en Ouganda, 55 cultures d’écouvillon sur 65 étaient positives (84,6 %); Staphylococcus aureus représentait 58,2 % des isolats, suivi de Neisseria spp. (16,4 %) et d’Escherichia coli (10,9 %) [s6].
Dans une cohorte de trois établissements de soins primaires en Ouganda, au moins une bactérie considérée comme potentiellement pathogène a été isolée chez 41 des 65 nouveau-nés avec omphalite (63,1 %); les isolats prédominants étaient Escherichia coli (18/65; 27,7 %) et Klebsiella pneumoniae (10/65; 15,4 %) [s2].
Dans une cohorte communautaire au Pakistan, 432 des 675 prélèvements cultivés (64 %) ont produit 583 agents pathogènes; Staphylococcus aureus était l’isolat le plus fréquent (52 %), suivi de Streptococcus pyogenes (18 %) et des streptocoques bêta-hémolytiques du groupe B (10 %) [s8].
Une série de six ans portant sur des écouvillons de moignons ombilicaux présentant une infection clinique a rapporté 200 infections sur 27 107 naissances (0,7 %), avec 171 isolats Gram négatif contre 118 Gram positif; l’incidence rapportée était de 2,08 % en nurserie de prématurés contre 0,5 % en nurserie de non-prématurés [s3].

Facteurs qui faussent le résultat

Pour les prélèvements rapportés par Turyasiima et al., l’écouvillon était réalisé sous précautions aseptiques, avant l’administration d’antibiotiques; son extrémité était tournée sur une zone profonde de 1 cm² pendant 5 secondes, en évitant le bord du moignon, puis le prélèvement était apporté au laboratoire le jour même [s6].
Dans l’étude de Tumuhamye et al., une sage-femme faisait passer doucement un écouvillon stérile autour du moignon; le dispositif utilisé contenait un milieu de transport Amies sans charbon et était réfrigéré jusqu’à 8 heures avant l’analyse bactériologique [s2].
Les méthodes de culture n’étaient pas identiques entre les études: l’étude ougandaise de Tumuhamye et al. utilisait une inoculation sur gélose au sang de mouton à 5 % et gélose MacConkey, avec incubation aérobie; les résultats ne doivent donc pas être transposés comme une plage universelle [s2].
La population étudiée modifie les profils observés: les résultats de l’étude hospitalière ougandaise, de la cohorte communautaire pakistanaise et de la série historique de nurseries ne sont pas interchangeables [s3,s6,s8].
La recommandation de l’OMS consultée préconise des soins propres et secs du cordon; elle réserve l’application quotidienne de chlorhexidine à 4 % aux contextes où des substances traditionnelles nocives sont couramment utilisées sur le cordon [s7].
Un écoulement léger sans signes inflammatoires peut être observé comme phénomène normal dans le guide de Queensland, tandis que l’omphalite est décrite avec induration, érythème et sensibilité autour du moignon; le prélèvement doit donc être interprété avec les signes cliniques [s4].

Sources

StatPearls Publishing. Omphalitis (2026)
Tumuhamye J et al.. Umbilical Cord Stump Infections in Central Uganda: Incidence, Bacteriological Profile, and Risk Factors (2022)
McKenna H, Johnson D. Bacteria in neonatal omphalitis (1977)
Children’s Health Queensland. Umbilical Disorders - Emergency Management in Infants, CHQ-GDL-00770, version 2.0 (2025)
Cleveland Clinic. Omphalitis (2024)
Turyasiima M et al.. Bacteriology and Antibiotic Susceptibility Patterns among Neonates Diagnosed of Omphalitis at a Tertiary Special Care Baby Unit in Western Uganda (2020)
World Health Organization. WHO recommendations on maternal and newborn care for a positive postnatal experience (2022)
Mir F et al.. Incidence and etiology of omphalitis in Pakistan: a community-based cohort study (2011)