Culture de prélèvement respiratoire

Examen biologique : Microbiologie bactérienne. La culture d’un prélèvement respiratoire recherche des bactéries ou d’autres germes susceptibles de causer une infection des poumons ou des voies respiratoires; le prélèvement peut être une expectoration, une expectoration induite ou une sécrétion obtenue par aspiration/bronchoscopie. Elle contribue à l’évaluation d’une infection respiratoire, mais la qualité du prélèvement et le contexte clinique conditionnent l’interprétation du résultat.

À quoi sert cet examen

La culture d’expectorations est utilisée pour rechercher des bactéries ou des champignons responsables d’une infection des poumons ou des voies respiratoires, évaluer l’aggravation d’une maladie pulmonaire chronique et aider à identifier la cause d’affections telles que la pneumonie, la tuberculose ou la bronchiectasie [s1].

Elle peut être demandée en présence d’une toux productive, de fièvre, de frissons, d’essoufflement, de douleur thoracique liée à la respiration ou après une imagerie suggérant une infection pulmonaire [s1].

La recommandation ATS/IDSA indique de prélever avant traitement des sécrétions respiratoires chez l’adulte hospitalisé avec pneumonie communautaire sévère, en particulier s’il est intubé, ou lorsqu’un traitement empirique contre MRSA ou Pseudomonas aeruginosa est prévu; elle mentionne aussi un antécédent de ces infections et une hospitalisation avec antibiotiques parentéraux dans les 90 jours comme situations conditionnelles [s2].

La culture doit être interprétée avec la qualité de l’échantillon, car la contamination par la flore normale est fréquente et la qualité influence les bactéries isolées [s3].

Valeurs de référence

Résultat attendu: négatif, c’est-à-dire aucune bactérie ni aucun champignon nuisible retrouvé dans l’échantillon [s1].

Un résultat anormal indique qu’une bactérie ou un champignon potentiellement responsable a été retrouvé; des examens complémentaires peuvent être nécessaires pour préciser le germe [s1].

Résultat attendu: non-détection d’un germe respiratoire nuisible dans l’échantillon; la page MedlinePlus décrit cette interprétation générale sans intervalle chiffré pédiatrique [s1].

Dans une étude pédiatrique menée chez des enfants de 0 à 14 ans, 209 échantillons (14,1 %) étaient classés de bonne qualité et 132 (63,2 %) de ces échantillons avaient une culture positive; ces proportions décrivent cette étude et ne constituent pas des valeurs de référence [s4].

Interprétation

Résultat négatif: aucune bactérie ou aucun champignon nuisible n’a été trouvé dans l’échantillon; ce résultat n’est pas présenté comme un diagnostic isolé et doit être relié au contexte clinique et aux autres examens [s1].

Résultat positif ou anormal: une bactérie ou un champignon potentiellement responsable d’une infection respiratoire a été retrouvé; le résultat peut aussi correspondre à une poussée d’une maladie pulmonaire chronique et ne suffit pas, à lui seul, à établir une cause clinique [s1].

Dans l’étude de Bali, un agent pathogène a été isolé dans 54,4 % des échantillons de bonne qualité; 70,2 % des isolats provenant d’échantillons de mauvaise qualité étaient des bactéries non pathogènes. L’étude rapporte aussi une association entre qualité de l’expectoration et bactéries isolées (OR 3,844; p < 0,001) [s3].

Facteurs qui faussent le résultat

Avant une expectoration, rincer la bouche à l’eau; demander une toux profonde et recueillir l’expectoration dans un récipient stérile étanche. La salive et les sécrétions post-nasales ne doivent pas être ajoutées au récipient [s1].

La contamination oropharyngée et la faible qualité cellulaire peuvent réduire le rendement ou modifier les bactéries isolées; dans l’étude pédiatrique, les échantillons non acceptables étaient définis par un score de Bartlett/Q-score nul ou négatif [s3,s4].

Sources

MedlinePlus; U.S. National Library of Medicine. Sputum Culture: MedlinePlus Medical Test (2026)
American Thoracic Society; Infectious Diseases Society of America. Diagnosis and Treatment of Adults with Community-acquired Pneumonia: Executive Summary (2019)
Nyoman Sri Budayanti; Kadek Suryawan; Ida Sri Iswari; Dewa Made Sukrama. The Quality of Sputum Specimens as a Predictor of Isolated Bacteria From Patients With Lower Respiratory Tract Infections at a Tertiary Referral Hospital, Denpasar, Bali-Indonesia (2019)
Gorica Popova; Katerina Boskovska; Ivana Arnaudova-Danevska; Olga Smilevska-Spasova; Tatjana Jakovska. Sputum Quality Assessment Regarding Sputum Culture for Diagnosing Lower Respiratory Tract Infections in Children (2019)