Détection de carbapénémase
Examen biologique : Microbiologie bactérienne. La détection de carbapénémase recherche une activité enzymatique de résistance aux carbapénèmes sur un isolat bactérien, par des méthodes phénotypiques et/ou moléculaires. Les méthodes phénotypiques comprennent notamment le Carba NP, le mCIM, les tests sur disques combinés et d’autres essais dépendant de la classe enzymatique.
À quoi sert cet examen
L’examen est utilisé pour détecter une production de carbapénémase chez des bactéries présentant une résistance ou une non-sensibilité aux carbapénèmes, afin d’appuyer la prise en charge microbiologique et les mesures de contrôle des infections [s1,s3].
La détection précoce des organismes producteurs de carbapénémase est importante pour la surveillance épidémiologique et le contrôle de la transmission en établissement de soins [s1,s4,s6].
La détection peut être phénotypique — Carba NP, mCIM, tests sur disques combinés ou autres méthodes — ou moléculaire par PCR ciblant des gènes de carbapénémase; les deux approches ne répondent pas exactement à la même question analytique [s1,s4,s5].
Valeurs de référence
| Type de résultat [s1] | Résultat attendu [s1] | Portée analytique [s1,s4] |
|---|---|---|
| Isolat bactérien étudié [s1,s4] | Non détecté / négatif [s1,s5] | Aucune activité de carbapénémase détectée par la méthode appliquée; ce résultat ne caractérise pas à lui seul tous les mécanismes de résistance aux carbapénèmes [s4,s6] |
| Isolat bactérien étudié [s1,s4] | Détecté / positif [s1,s5] | Activité de carbapénémase détectée par la méthode; la classe ou le gène nécessite un essai de caractérisation adapté [s1,s4] |
Seuils de décision et gravité
| Méthode et contexte [s5,s6] | Critère positif rapporté [s5,s6] | Autre interprétation rapportée [s5,s6] |
|---|---|---|
| mCIM dans l’étude nigériane [s5] | Diamètre de zone de 6–15 mm ou présence de colonies ponctiformes dans une zone de 16–18 mm [s5] | Diamètre ≥19 mm: négatif; diamètre 16–18 mm, ou diamètre ≥19 mm avec colonies ponctiformes: indéterminé [s5] |
| Test sur disques combinés dans l’étude iranienne [s6] | Augmentation ≥5 mm de la zone autour d’un disque contenant un inhibiteur par rapport au disque de méropénème seul [s6] | Le seuil rapporté concerne le protocole et les disques évalués dans cette étude; il ne constitue pas un seuil universel pour toutes les méthodes [s6] |
Aucun seuil critique clinique général n’a été retenu: les seuils disponibles dans les sources consultées sont propres à une méthode, un protocole et une population d’isolats [s5,s6].
Interprétation
Un résultat négatif peut correspondre à une absence d’activité détectable par la méthode utilisée; il ne permet pas d’exclure une résistance aux carbapénèmes due à une perte de porines, à une surexpression d’AmpC ou à des pompes d’efflux [s4,s6].
Le Carba NP a une sensibilité plus faible rapportée pour les enzymes OXA-48 et OXA-48-like, dont l’activité enzymatique est faible, et des résultats moins sensibles ont aussi été rapportés avec des colonies mucoïdes ou des Enterobacterales produisant GES [s3].
Le test de Hodge modifié peut avoir une faible sensibilité pour les producteurs de NDM et ne distingue pas les types de carbapénémase [s4].
Un résultat phénotypique positif signifie que l’activité de carbapénémase recherchée est détectée par l’essai utilisé; il ne fournit pas nécessairement l’identité du gène [s1,s4].
Dans une revue systématique de 20 études chez les Enterobacterales, la sensibilité groupée était de 91% pour Carba NP et de 97% pour mCIM; les spécificités groupées étaient respectivement de 93% et 97% [s3].
Dans une étude de Karachi, les sensibilités rapportées chez les isolats testés par PCR étaient de 94,34% pour Carba NP, 75,47% pour le test de Hodge modifié, 79,25% pour la synergie EDTA et 98,11% pour mCIM [s2].
Dans l’étude utilisant le séquençage du génome entier comme référence, mCIM avait une sensibilité de 100,00% et une spécificité de 94,44% pour les Enterobacterales; le test sur disques combinés avait une sensibilité de 96,49% et une spécificité de 95,24% dans ce groupe [s4].
Facteurs qui faussent le résultat
La méthode influence le résultat: aucune méthode phénotypique unique ne satisfait parfaitement toutes les exigences, et les tests sur disques combinés ont des performances variables selon la classe de carbapénémase et le fabricant [s1,s3].
Les tests sur disques combinés utilisent des inhibiteurs de classes différentes: l’acide boronique cible les carbapénémases de classe A, tandis que l’EDTA et l’acide dipicolinique ciblent les métallo-bêta-lactamases de classe B; il n’existe pas d’inhibiteur spécifique équivalent pour la classe D dans le protocole décrit [s1].
Le mCIM comporte une étape d’incubation en bouillon et peut être plus long ou plus contraignant à réaliser que le Carba NP; l’étude de Karachi décrit mCIM comme plus exact mais chronophage [s2,s4].
La PCR cible des gènes déterminés et peut produire un résultat faussement négatif si le gène ou le variant émergent n’est pas inclus dans la cible; le séquençage du génome entier donne une couverture plus large dans les situations étudiées [s4].
La coproduction de carbapénémases de classes A et B peut gêner la classification par eCIM, car l’hydrolyse peut persister malgré l’ajout d’EDTA [s4].
Les études consultées ont appliqué les essais à des colonies ou isolats bactériens standardisés; le type de prélèvement clinique primaire et les conditions préanalytiques d’un prélèvement patient ne sont pas établis par ces sources [s1,s4,s5].
Sources
- Sattler J, Brunke A, Hamprecht A et al.. Systematic Comparison of Three Commercially Available Combination Disc Tests and the Zinc-Supplemented Carbapenem Inactivation Method (zCIM) for Carbapenemase Detection in Enterobacterales Isolates (2021)
- Farooqui F, Irfan S, Laiq SM et al.. Diagnostic Accuracy and Agreement between Four Phenotypic Carbapenemase Detection Tests among Enterobacterales (2021)
- Suriya R, Kv L, Feliciana HJ et al.. Diagnostic Test Precision of Modified Carbapenem Inactivation Method and Carbapenemase Nordmann-Poirel Test for Phenotypic Detection of Carbapenemase Production in Enterobacterales: A Systematic Review (2024)
- Liang B, Chen Y, Liang Z et al.. Molecular characteristics and evaluation of the phenotypic detection of carbapenemases among Enterobacterales and Pseudomonas via whole genome sequencing (2024)
- Hussaini IM, Suleiman A, Olonitola OS et al.. Phenotypic and molecular detection of carbapenemase producing Escherichia coli and Klebsiella pneumoniae (2022)
- Solgi H, Badamchi A, Shahcheraghi F et al.. A comparative evaluation of five phenotypic methods for identification of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae: a modified carbapenemase detection test (2024)