Détection de résistance aux carbapénèmes

À quoi sert cet examen

La détection est utilisée pour caractériser un isolat présentant une résistance ou une non-sensibilité aux carbapénèmes, en distinguant si possible une production de carbapénèmase d’autres mécanismes de résistance [s1,s2,s3].

Les méthodes phénotypiques décrites comprennent notamment le test Carba NP, la méthode d’inactivation des carbapénèmes modifiée (mCIM), des méthodes sur disques ou inhibiteurs, et des tests immunochromatographiques ; les méthodes moléculaires recherchent des gènes de carbapénèmase [s1,s2,s3,s4].

L’identification rapide des organismes producteurs de carbapénèmase est présentée comme pertinente pour orienter la prise en charge antimicrobienne et les mesures de prévention et de contrôle de la transmission, sans constituer à elle seule un diagnostic clinique [s2,s4,s5].

Valeurs de référence

Résultat attendu qualitatif : « détectée » ou « non détectée » pour la résistance ou la carbapénèmase recherchée, selon la méthode validée par le laboratoire ; aucune unité ni intervalle numérique de référence n’est vérifié pour cette fiche [s1,s2,s3].

Pour les méthodes phénotypiques de carbapénèmase chez les Enterobacterales, la revue systématique consultée rapporte, dans les études incluses, une sensibilité globale de 91 % et une spécificité de 93 % pour Carba NP, contre 97 % et 97 % pour mCIM ; ces estimations concernent ces méthodes et ces populations d’étude, pas un intervalle de référence universel [s3].

Le laboratoire fait foi pour la méthode, l’espèce bactérienne, les contrôles qualité et la population étudiée ; les résultats de méthodes différentes ne sont pas directement interchangeables [s1,s2,s3].

Seuils de décision et gravité

Aucun seuil numérique, unité, seuil critique ou seuil d’alerte n’est retenu pour cette fiche générique : les sources consultées décrivent des méthodes et des performances, mais le catalogue ne précise pas de protocole local [s1,s2,s3].

Interprétation

Un résultat « non détectée » signifie que la résistance ou l’activité de carbapénèmase ciblée n’a pas été détectée par la méthode utilisée ; il ne permet pas, à lui seul, d’exclure un autre mécanisme de résistance ni une carbapénèmase non reconnue par la méthode [s1,s2,s3].

Dans une étude comparative, des résultats faussement négatifs variaient selon la méthode et le groupe enzymatique : sCIM avait une sensibilité plus faible que mCIM, et des résultats négatifs concernaient notamment des isolats IMP-1 ou OXA-48 dans certains essais [s2].

Une résistance aux carbapénèmes peut être liée à une carbapénèmase, mais aussi à une perte de porines ou à d’autres modifications de perméabilité associées à des bêta-lactamases telles qu’ESBL ou AmpC ; une résistance phénotypique ne prouve donc pas à elle seule un mécanisme enzymatique [s1,s3].

Une détection positive d’activité de carbapénèmase est compatible avec la production d’une carbapénèmase par l’isolat testé ; le typage précis de l’enzyme dépend de la méthode et peut nécessiter une confirmation moléculaire [s1,s2,s4].

Dans l’étude d’immunochromatographie consultée, les tests évaluaient KPC, NDM, IMP, OXA-48-like et VIM avec confirmation des gènes par PCR ; un variant KPC particulier n’a pas été reconnu par l’un des tests, ce qui illustre la dépendance aux cibles couvertes [s5].

Facteurs qui faussent le résultat

La performance dépend de l’espèce bactérienne et du variant enzymatique. Chez des bacilles Gram négatif non fermentants résistants aux carbapénèmes, aucune des méthodes évaluées n’a dépassé 90 % de sensibilité pour Acinetobacter baumannii, alors que plusieurs méthodes dépassaient 90 % de sensibilité pour Pseudomonas aeruginosa dans cette étude [s6].

Le mCIM nécessite une incubation en bouillon suivie d’une incubation nocturne dans l’étude comparative ; sCIM exposait à des difficultés de standardisation de l’inoculum et à des problèmes d’interprétation, et sa validation restait insuffisante pour le recommander comme alternative préférée [s2].

Carba NP peut avoir une sensibilité réduite pour les enzymes OXA-48/OXA-48-like à faible activité et pour certains isolats mucoïdes ou producteurs de GES dans la revue consultée [s3].

Les méthodes PCR sont limitées aux cibles recherchées ; le séquençage du génome entier apporte une information plus large mais sa sensibilité peut être affectée par la couverture, la qualité de l’assemblage ou la faible abondance de plasmides, et son analyse est plus complexe [s1].

Les méthodes évaluées portent sur des isolats bactériens en culture ; le prélèvement clinique primaire et les conditions préanalytiques ne sont pas définis dans la ligne du catalogue et doivent donc rester non renseignés pour cette fiche [s1,s2,s4].

Sources

1. Katja Probst, Dennis Nurjadi, Klaus Heeg et al.. Molecular Detection of Carbapenemases in Enterobacterales: A Comparison of Real-Time Multiplex PCR and Whole-Genome Sequencing (2021)
2. Takuya Hosoda, Yohei Doi, Masahiro Suzuki et al.. Comparison of sCIM and Other Phenotypic Detection Methods for Carbapenemase-Producing Enterobacterales (2021)
3. Vijay Suriya R, Leela Kv, Han Feliciana J et al.. Diagnostic Test Precision of Modified Carbapenem Inactivation Method and Carbapenemase Nordmann-Poirel Test for Phenotypic Detection of Carbapenemase Production in Enterobacterales: A Systematic Review (2024)
4. André Birgy, Philippe Bidet, Nathalie Genel et al.. Phenotypic Screening of Carbapenemases and Associated β-Lactamases in Carbapenem-Resistant Enterobacteriaceae (2012)
5. Pingjuan Liu, Chenfeng Zhao, Siting Yi et al.. Evaluating the Performance of Two Rapid Immunochromatographic Techniques for Detecting Carbapenemase in Carbapenem-Resistant Enterobacterales Clinical Isolates (2025)
6. Patricia J. Simner, Belita N. A. Opene, Krizia K. Chambers et al.. Carbapenemase Detection among Carbapenem-Resistant Glucose-Nonfermenting Gram-Negative Bacilli (2017)