Détection de résistance à la colistine
Examen biologique : Microbiologie bactérienne. Examen qualitatif destiné à rechercher une résistance phénotypique à la colistine et, lorsque la stratégie le prévoit, à caractériser une résistance plasmidique de type mcr dans un isolat bactérien cultivé. La méthode de référence pour déterminer la sensibilité à la colistine est la microdilution en bouillon manuelle; les méthodes par diffusion sont techniquement peu fiables et des méthodes complémentaires validées peuvent être utilisées selon l'espèce et le référentiel.
À quoi sert cet examen
La détection recherche une résistance à la colistine chez des bacilles à Gram négatif, notamment dans les Enterobacterales, et peut aider à caractériser le mécanisme lorsque la recherche moléculaire de gènes mcr est réalisée [s1,s4,s5].
La résistance à la colistine peut résulter de mécanismes chromosomiques modifiant le lipopolysaccharide ou d'une résistance plasmidique portée par un gène mcr; la distinction est utile pour la caractérisation microbiologique et la surveillance de la diffusion de la résistance [s4,s5].
Valeurs de référence
Résultat attendu : « résistance détectée » ou « résistance non détectée »; il s'agit d'un examen qualitatif et aucune plage biologique de référence n'est applicable. Le laboratoire fait foi pour la méthode, l'espèce bactérienne et le référentiel d'interprétation [s1,s2].
Seuils de décision et gravité
| Organisme [s2] | Interprétation de la CMI de colistine [s2] | Portée [s2] |
|---|---|---|
| Enterobacterales [s2] | Résistant : ≥4 µg/mL; intermédiaire : ≤2 µg/mL [s2] | Catégories CLSI rapportées par l'étude; aucune catégorie sensible n'y est définie [s1,s2] |
| Acinetobacter baumannii complex [s2] | Résistant : ≥4 µg/mL; intermédiaire : ≤2 µg/mL [s2] | Catégories CLSI rapportées par l'étude; aucune catégorie sensible n'y est définie [s1,s2] |
| Pseudomonas aeruginosa [s2] | Résistant : ≥4 µg/mL; intermédiaire : ≤2 µg/mL [s2] | Catégories CLSI rapportées par l'étude; aucune catégorie sensible n'y est définie [s1,s2] |
Ces seuils sont ceux rapportés dans l'étude selon le document CLSI 2020; ils ne doivent pas être transposés à une autre espèce, méthode ou version de référentiel sans vérification locale [s2].
Interprétation
Une absence de détection d'un gène mcr ne permet pas d'exclure une résistance à la colistine par un mécanisme non mcr; une étude a observé des isolats résistants dont les gènes mcr-1 à mcr-8 n'étaient pas détectés [s5].
Un résultat phénotypiquement non résistant n'exclut pas nécessairement la présence d'un gène mcr : des isolats porteurs de mcr-1 mais sensibles à la colistine ont été décrits [s4].
Une résistance phénotypique peut être compatible avec des mutations chromosomiques touchant les voies de modification du lipopolysaccharide, notamment les systèmes pmrAB, phoPQ, mgrB ou crrAB décrits dans la revue consultée [s4].
La détection d'un gène mcr est compatible avec une résistance plasmidique : MCR-1 appartient à la famille des phosphoéthanolamine transférases et sa présence favorise l'ajout de phosphoéthanolamine au lipide A [s4].
Certaines espèces présentent une résistance naturelle aux polymyxines, notamment Proteus, Morganella, Providencia et Serratia; l'interprétation doit donc tenir compte de l'identification de l'organisme [s4].
Facteurs qui faussent le résultat
La diffusion sur disque et la diffusion sur gradient sont peu fiables pour la colistine, car les molécules diffusent mal dans ces essais; elles ne doivent pas remplacer la microdilution en bouillon de référence [s2,s3,s6].
La colistine peut s'adsorber sur le plastique de laboratoire; la concentration en cations du milieu, la composition de la poudre et les « skip wells » peuvent aussi compromettre une CMI de microdilution [s2,s3].
La microdilution en bouillon manuelle selon ISO 20776-1 est la méthode de référence reconnue par CLSI et EUCAST; le broth disk elution et le colistin agar test sont des méthodes complémentaires évaluées pour les Enterobacterales et Pseudomonas aeruginosa, avec une portée qui dépend de l'espèce [s1,s2].
La PCR cible les gènes mcr connus par ses amorces et sondes; le séquençage du génome entier peut identifier des mécanismes connus ou inconnus, de sorte qu'un résultat moléculaire négatif dépend du panel recherché [s4].
Les performances d'une méthode commerciale de microdilution peuvent varier selon le système et l'organisme; les essais commerciaux doivent être confrontés à la méthode de référence et à un contrôle qualité approprié [s2,s3].
Sources
- Humphries RM; Green DA; Schuetz AN. Multicenter Evaluation of Colistin Broth Disk Elution and Colistin Agar Test: a Report from the Clinical and Laboratory Standards Institute (2019)
- Bellerose MM; Clark AE; Youn J-H. Manual Reading of Sensititre Broth Microdilution System Panels Improves Accuracy of Susceptibility Reporting for Polymyxin Antibiotics (2021)
- Yusuf E; van Westreenen M; Goessens WHF. The accuracy of four commercial broth microdilution tests in the determination of the minimum inhibitory concentration of colistin (2020)
- Dalmolin TV; de Lima-Morales D; Barth AL. Plasmid-mediated Colistin Resistance: What Do We Know? (2018)
- Anan MMG; El-Seidi EA; Mostafa MS. Detection of Plasmid-Mediated Mobile Colistin Resistance Gene (mcr-1) in Enterobacterales Isolates from a University Hospital (2021)
- Gonzáles-Escalante E; Yauri-Condor K; Di Conza J. Phenotypic Detection of Plasmid-Mediated Colistin Resistance in Enterobacteriaceae (2020)