Détection de résistance à la vancomycine
Examen biologique : Microbiologie bactérienne. Cette analyse recherche une résistance à la vancomycine chez un entérocoque, sur un isolat clinique ou dans un prélèvement de dépistage de colonisation selon la méthode utilisée. Un résultat positif peut correspondre à une résistance phénotypique ou à la détection d’un déterminant vanA/vanB; il doit être interprété avec l’identification de l’organisme et les limites de la méthode.
À quoi sert cet examen
Le laboratoire joue un rôle central dans l’identification des entérocoques et la détection de la résistance à la vancomycine, car la reconnaissance rapide des VRE aide à repérer la colonisation ou l’infection et à soutenir le contrôle de leur diffusion en établissement de soins. [s2]
L’analyse peut être réalisée sur un entérocoque isolé d’un prélèvement clinique pour déterminer la résistance à la vancomycine; des cultures de selles ou d’écouvillons rectaux peuvent aussi rechercher une colonisation digestive, notamment dans des contextes hospitaliers à risque ou de surveillance. [s2,s6]
Les méthodes décrites comprennent des tests phénotypiques de sensibilité sur isolat, des milieux de dépistage sélectifs et des tests moléculaires ciblant notamment vanA et vanB. [s2,s3,s4,s5]
La présence d’un VRE peut correspondre à une colonisation sans infection; un résultat de dépistage ne constitue donc pas, à lui seul, un diagnostic d’infection. [s1]
Valeurs de référence
Examen qualitatif : il n’existe pas d’intervalle biologique chiffré applicable. Le laboratoire doit rendre le résultat selon la méthode validée et préciser si le résultat concerne une culture, une résistance phénotypique ou un gène ciblé. [s2,s3,s5]
| Contexte ou méthode [s2,s3,s4,s5] | Résultat attendu [s2,s4,s5] | Résultat positif ou à confirmer [s2,s3,s5] |
|---|---|---|
| Culture de selle ou d’écouvillon rectal pour dépistage [s2,s4,s6] | Négatif : aucune croissance de VRE dans les conditions du test [s4,s6] | Positif : VRE isolé; confirmer l’identification et la résistance de l’isolat [s2,s4] |
| PCR ciblant vanA/vanB sur prélèvement de dépistage [s4,s5] | Non détecté : aucune cible vanA/vanB détectée par l’essai [s4,s5] | vanA ou vanB détecté; corréler au résultat de culture et à l’identification bactérienne [s5] |
| Test phénotypique sur isolat d’Enterococcus [s2,s3,s7] | Sensible selon la méthode et les critères validés par le laboratoire [s2,s7] | Résistant ou suspect : répéter ou confirmer par une méthode appropriée et, lorsque pertinent, par PCR vanA/vanB [s2,s3] |
| Test de diffusion EUCAST chez Enterococcus spp. [s3] | Zone et morphologie compatibles avec la sensibilité selon les règles EUCAST en vigueur [s3] | Zone <12 mm, bord flou ou colonies dans la zone : résistance aux glycopeptides suspectée et PCR vanA/vanB à réaliser pour confirmer ou exclure [s3] |
Le laboratoire fait foi pour le compte rendu final : les performances dépendent de l’organisme, de la méthode, du milieu, de l’inoculum, de l’interprétation et des critères en vigueur; les résultats de cette fiche ne remplacent pas la procédure locale validée. [s3,s7]
Seuils de décision et gravité
EUCAST indique, pour la diffusion avec la vancomycine chez les entérocoques, de suspecter une résistance si la zone est inférieure à 12 mm, si le bord est flou ou si des colonies sont présentes dans la zone; un résultat suspect doit être confirmé par une PCR ciblant vanA et vanB. [s3]
Aucun seuil critique patient ou seuil d’alerte clinique indépendant de la méthode n’est retenu ici, car les sources consultées décrivent des critères propres à des méthodes et à des organismes donnés. [s3,s7]
Interprétation
Un résultat négatif ou non détecté signifie qu’aucune résistance, croissance compatible avec un VRE ou cible vanA/vanB n’a été mise en évidence par la méthode employée dans le prélèvement analysé. [s2,s4,s5]
Un résultat négatif de culture n’exclut pas une faible densité de VRE; des résultats négatifs et positifs peuvent aussi alterner au cours d’une colonisation digestive. [s5,s6]
Une culture positive indique qu’un VRE a été isolé dans le prélèvement selon les conditions du test; une PCR positive indique la détection de la cible génétique recherchée. [s2,s4,s5]
La détection de vanA ou vanB doit être corrélée à l’espèce et, lorsque cela est possible, à une culture : la PCR peut détecter un déterminant provenant d’un entérocoque non viable ou d’un organisme non entérocoque. [s5]
Les phénotypes de résistance à la vancomycine décrits chez les entérocoques comprennent VanA, VanB, VanC, VanD et VanE; le profil observé dépend donc du mécanisme recherché et de la méthode utilisée. [s6]
Un dépistage positif peut documenter une colonisation et ne permet pas, à lui seul, de conclure à une infection. [s1,s6]
Facteurs qui faussent le résultat
Le choix du prélèvement influence le dépistage : les études consultées utilisent des selles, des écouvillons rectaux ou périrectaux pour rechercher une colonisation digestive. [s2,s4,s5,s6]
L’inhibition de la PCR sur écouvillon rectal peut être liée à des facteurs du prélèvement, notamment un excès d’ADN humain, des substances chimiques ou de l’hème; une réextraction et une dilution de l’ADN ont été utilisées pour surmonter cette inhibition dans l’étude consultée. [s4]
La densité de VRE dans les selles peut varier et dépendre d’une exposition antimicrobienne récente; une faible densité peut réduire la sensibilité de la culture rectale. [s5]
Les tests par gradient avec inoculum et incubation standards peuvent manquer des entérocoques présentant une résistance de faible niveau; EUCAST recommande de confirmer les résultats suspects par une méthode adaptée et par un test moléculaire lorsque nécessaire. [s3]
Pour la diffusion, la taille de la zone, l’aspect du bord, la présence de colonies dans la zone, le milieu utilisé et l’expérience de lecture influencent la détection; l’étude multicentrique a également trouvé des différences de performance entre milieux. [s3,s7]
Le screen sur gélose CLSI nécessite une surveillance attentive de la concentration de vancomycine dans les plaques, tandis que la diffusion nécessite une formation à l’interprétation des bords de zone. [s7]
Un test moléculaire limité à vanA et vanB ne documente pas nécessairement les autres phénotypes de résistance décrits, notamment VanC, VanD ou VanE; l’identification de l’espèce et la méthode employée doivent être indiquées. [s5,s6]
Sources
- Centers for Disease Control and Prevention. Vancomycin-resistant Enterococci (VRE) Basics (2024)
- Hospital Infection Control Practices Advisory Committee, CDC. Recommendations for Preventing the Spread of Vancomycin Resistance (1995)
- European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST). Vancomycin susceptibility testing in Enterococcus faecalis and E. faecium using MIC gradient tests (2019)
- Drews SJ et al.. A 24-Hour Screening Protocol for Identification of Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium (2006)
- Paule SM, Trick WE, Tenover FC et al.. Comparison of PCR Assay to Culture for Surveillance Detection of Vancomycin-Resistant Enterococci (2003)
- Çetinkaya Y, Falk PS, Mayhall CG. Vancomycin-Resistant Enterococci (2000)
- Hegstad K, Giske CG, Haldorsen B et al.. Performance of the EUCAST Disk Diffusion Method, the CLSI Agar Screen Method, and the Vitek 2 Automated Antimicrobial Susceptibility Testing System for Detection of Clinical Isolates of Enterococci with Low- and Medium-Level VanB-Type Vancomycin Resistance: a Multicenter Study (2014)