Détection de VRE/ERV
Examen biologique : Microbiologie bactérienne. La détection de VRE/ERV est un examen qualitatif de dépistage de la colonisation intestinale par des entérocoques résistants à la vancomycine, réalisé notamment sur selles ou écouvillon rectal. La culture sélective et les méthodes moléculaires peuvent donner des délais et des résultats différents; un résultat détecté documente la présence du marqueur ou de l’organisme dans l’échantillon, sans établir à lui seul une infection.
À quoi sert cet examen
La détection vise à repérer une colonisation intestinale par un entérocoque résistant à la vancomycine; les VRE sont des colonisateurs du tractus gastro-intestinal et sont associés à des épisodes nosocomiaux de colonisation ou d’infection [s3].
Les cultures de selles ou d’écouvillons rectaux peuvent être utilisées pour la surveillance de patients à risque dans des unités telles que soins intensifs, oncologie ou transplantation, selon la stratégie locale de contrôle des infections [s2].
L’identification des personnes colonisées contribue à la surveillance et aux mesures de prévention de la transmission en milieu de soins; la colonisation peut exister sans infection [s1,s2].
Valeurs de référence
Résultat attendu pour un dépistage négatif: « non détecté » ou « négatif » pour VRE/ERV dans l’échantillon analysé [s2,s3].
Résultat « détecté » ou « positif »: VRE/ERV ou cible de résistance détecté(e) par la méthode utilisée; ce résultat doit être interprété avec la méthode et le contexte de prélèvement, car la colonisation ne signifie pas à elle seule infection [s1,s4,s7].
Interprétation
Un résultat non détecté/négatif signifie que la cible ou l’organisme n’a pas été détecté dans l’échantillon avec la méthode employée; il ne remplace pas l’interprétation des limites de sensibilité du prélèvement et de la méthode [s2,s3,s5].
Un résultat détecté/positif est compatible avec une colonisation intestinale par VRE/ERV lorsque l’organisme est confirmé par la méthode de culture; il ne permet pas, isolément, de conclure à une infection [s1,s2].
Une PCR positive peut détecter vanA ou vanB alors que la culture est négative; cette discordance peut correspondre à une faible charge, à de l’ADN provenant d’organismes non viables ou à un gène présent dans une bactérie non entérococcique [s4,s5].
La détection de vanB doit être interprétée avec prudence, car des bactéries anaérobies intestinales non entérococciques peuvent porter ce gène; des entérocoques variables pour la vancomycine peuvent aussi présenter une discordance entre PCR et culture [s7].
Facteurs qui faussent le résultat
Le choix entre selle et écouvillon rectal, ainsi que la qualité et la quantité de matière recueillie, peuvent modifier la récupération en culture; le dépistage culturel des écouvillons peut être difficile lorsque la densité fécale de VRE est faible [s3,s5].
Les méthodes de culture utilisent des milieux sélectifs; les protocoles et les temps d’incubation ne sont pas interchangeables entre laboratoires [s2,s3,s6].
Les substances présentes dans les selles peuvent inhiber une PCR; un contrôle interne et, si nécessaire, une réextraction ou une dilution font partie des mesures décrites pour traiter cette limite analytique [s3,s6].
Une PCR qui cible un gène de résistance ne démontre pas nécessairement la présence d’un entérocoque viable; la culture peut être nécessaire pour confirmer l’organisme et caractériser la résistance [s4,s5,s7].
Les résultats et les délais dépendent de la plateforme, des cibles recherchées et de la méthode; les études consultées ont évalué des cibles vanA, vanB et, pour une méthode particulière, vanM, sans permettre d’extrapoler leurs performances à toutes les plateformes [s4,s6].
Sources
- Centers for Disease Control and Prevention. Vancomycin-resistant Enterococci (VRE) Basics (2024)
- Centers for Disease Control and Prevention; Hospital Infection Control Practices Advisory Committee. Recommendations for Preventing the Spread of Vancomycin Resistance (1995)
- Steven J. Drews, Grant Johnson, Farhad Gharabaghi et al.. A 24-Hour Screening Protocol for Identification of Vancomycin-Resistant Enterococcus faecium (2006)
- S. M. Paule, W. E. Trick, M. Lankford et al.. Comparison of PCR Assay to Culture for Surveillance of Vancomycin-Resistant Enterococci (2003)
- Lynne M. Sloan, J. R. Uhl, Emily A. Vetter et al.. Comparison of the Roche LightCycler vanA/vanB Detection Assay and Culture for Detection of Vancomycin-Resistant Enterococci from Perianal Swabs (2004)
- Yuan-Hui He, Genjie Ruan, Hui Hao et al.. Evaluation of Quadruple Real-Time PCR Method to Detect Enterococci Carrying Vancomycin-Resistant Genes vanA, vanB, vanM in Rectal Swabs (2020)
- Assunta Navarra, Stefania Cicalini, Silvia D’Arezzo et al.. Vancomycin-Resistant Enterococci: Screening Efficacy and the Risk of Bloodstream Infections in a Specialized Healthcare Setting (2025)