Examen cytobactériologique des urines (ECBU)

À quoi sert cet examen

**Indications** : Peut être prescrit devant des symptômes évoquant une infection urinaire ou la présence de sang dans les urines [s1]. Les recommandations UroFrance consultées indiquent un ECBU systématique notamment pour les cystites à risque de complication, les pyélonéphrites et les infections urinaires masculines; l’ECBU n’est pas nécessaire pour une cystite aiguë simple dans ce document [s2].

**Méthode** : Examen cytologique des cellules urinaires, puis examen bactériologique par mise en culture, identification et quantification des colonies en UFC/mL; antibiogramme si un germe est identifié [s1]. Les résultats peuvent varier selon que la méthode de comptage est automatisée ou non [s1].

**Prélèvement** : Recueil d’urines dans un flacon stérile, généralement au milieu du jet après élimination du premier jet; appliquer une asepsie rigoureuse pour limiter la contamination [s1]. Pour le nourrisson, l’article institutionnel décrit un recueil au laboratoire avec poche stérile à usage unique, limitée à une demi-heure, puis transfert des urines dans un flacon stérile [s1].

**Préparation** : L’article d’ameli recommande de recueillir l’urine au moins 4 heures après la miction précédente et de réaliser l’examen avant un traitement antibiotique ou après au moins 48 heures d’arrêt; il décrit une toilette intime et le lavage des mains avant le recueil [s1]. L’article de recommandations UroFrance indique une analyse idéalement immédiate, ou une conservation possible 12 heures à 4 °C [s2]. Ces modalités doivent être rattachées aux consignes de la source et du laboratoire concerné.

Contribue au diagnostic microbiologique d’une infection urinaire : examen cytologique, mise en culture avec identification et quantification des bactéries et, si un germe est identifié, antibiogramme [s1].

Seuils de décision et gravité

• **Lecture du résultat** : **Bacteriurie** : Selon le tableau de seuils UroFrance, seuil de significativité : E. coli et S. saprophyticus, 10³ UFC/mL quel que soit le sexe; autres entérobactéries, entérocoque, Corynebacterium urealyticum, Pseudomonas aeruginosa et Staphylococcus aureus : 10³ UFC/mL chez l’homme et 10⁴ UFC/mL chez la femme [s2]. Ces seuils de significativité ne sont pas des intervalles de référence. Le catalogue AP-HP consulté indique que les urines sont normalement stériles et exprime la numération bactérienne en UFC/mL [s3].
• **Cellules** : Repères présentés par ameli pour les urines normales : leucocytes < 10 000/mL (ou 10/mm³) et hématies < 1 000/mL (ou 1/mm³) [s1]. Le document UroFrance indique un seuil de leucocyturie significatif ≥ 10⁴ éléments/mL [s2].
• **Lecture clinique** : Ameli donne comme repère l’absence a priori d’infection si la bactériurie est < 1 000 UFC/mL, en l’absence de traitement antibiotique; cette valeur ne remplace pas l’interprétation contextualisée des seuils selon le germe et le sexe rapportés par UroFrance [s1,s2].

Facteurs qui faussent le résultat

• Le prélèvement doit être réalisé avec une asepsie rigoureuse; une contamination par des bactéries cutanées ou muqueuses peut compromettre la fiabilité [s1].
• Un résultat montrant plusieurs types de bactéries est décrit par ameli comme généralement lié à une contamination et nécessite de refaire l’ECBU [s1].
• La prise d’antibiotiques avant le prélèvement peut empêcher le développement bactérien en culture et rendre les résultats difficiles à interpréter [s1].
• Les seuils des composants urinaires peuvent varier légèrement selon la méthode de comptage du laboratoire; se référer aux normes du compte rendu [s1].
• Une étude rétrospective au CHU Mohammed VI d’Oujda a documenté des non-conformités préanalytiques parmi les ECBU adressés à ce laboratoire; elle étaye l’importance du contrôle du prélèvement et du transport, mais ne définit pas des valeurs de référence pour les populations africaines [s4].

Sources

1. Assurance Maladie (ameli.fr). Comment se préparer à l’ECBU et lire ses résultats ? (2025)
2. Franck Bruyère; coordonnatrice et relectrice Véronique Phé; UroFrance. Item 161 Infections urinaires de l’adulte et de l’enfant (2021)
3. AP-HP, Hôpitaux universitaires Paris Nord–Université de Paris; laboratoire Bichat-Claude Bernard. Examen cytobactériologique des urines (ECBU) – uretère/pyélon (2025)
4. Mohammed Lahmer, Abderazak Saddari, Elmostapha Benaissa, Yassine Ben Lahlou, Mostafa Elouennass et Adil Maleb. Non-conformités de la phase préanalytique de l’examen cytobactériologique des urines (ECBU) au laboratoire de microbiologie du CHU Mohammed VI d’Oujda (2023)