Génotypage de résistance VIH
Examen biologique : Virologie et infections virales. Le génotypage de résistance VIH séquence directement les régions codantes du génome viral pour détecter des mutations, puis compare les mutations identifiées à une liste de mutations connues pour conférer une résistance aux antirétroviraux afin de produire une liste de médicaments probablement actifs ou auxquels une résistance est probable. Les recommandations NIH préfèrent le test génotypique au test phénotypique chez les personnes naïves d’antirétroviraux et recommandent le génotypage à l’entrée dans les soins pour guider le choix du traitement initial.
À quoi sert cet examen
Le génotypage de résistance est recommandé à l’entrée dans les soins des personnes vivant avec le VIH afin de guider le choix du premier traitement antirétroviral. [s1]
Chez une personne sous traitement présentant un échec virologique, le test de résistance aide à déterminer le rôle de la résistance et à sélectionner des médicaments actifs pour le nouveau schéma. [s1]
Le test génotypique est recommandé plutôt que le test phénotypique chez les personnes naïves d’antirétroviraux; le NIH motive cette préférence par un coût plus faible, un délai de rendu plus court et une meilleure sensibilité pour détecter les mélanges de virus sauvage et résistant. [s1]
Le génotypage standard chez une personne naïve d’antirétroviraux porte sur les mutations des gènes de la transcriptase inverse et de la protéase; le gène de l’intégrase doit aussi être inclus si une résistance transmise aux inhibiteurs de l’intégrase est suspectée, après une exposition au cabotégravir à longue action en prophylaxie pré-exposition ou après un traitement post-exposition comportant un inhibiteur de l’intégrase. [s1]
Chez les personnes avec une suppression virale sous-optimale ou un échec virologique, le NIH recommande le génotypage; en cas d’utilisation antérieure d’un inhibiteur de l’intégrase ou de traitement actuel fondé sur cette classe, le test de résistance de l’intégrase doit être réalisé. [s1]
Chez les femmes enceintes vivant avec le VIH, le génotypage est recommandé avant le début du traitement et en cas d’ARN VIH détectable sous traitement; le traitement ne doit pas être retardé dans l’attente du résultat. [s1]
L’IAS-USA recommande un test dès le diagnostic d’une infection VIH-1, dans tous les cas avant le début du traitement, et recommande aussi le test chez les personnes dont la virémie plasmatique augmente au-dessus de 200 copies/mL après suppression, chez celles qui n’obtiennent pas une suppression complète et après certaines interruptions de traitement. [s7]
L’OMS recommande que les pays mettent en œuvre une surveillance standardisée de la résistance VIH chez les personnes qui n’atteignent pas une charge virale supprimée et chez les personnes qui deviennent VIH-positives pendant une prophylaxie pré-exposition. [s6]
Les résultats de résistance antérieurs et actuels ainsi que l’historique des traitements antirétroviraux doivent être conservés et pris en compte pour construire un schéma ultérieur. [s1,s2]
Valeurs de référence
| Format du résultat génotypique [s2] | Information rapportée [s2] |
|---|---|
| Séquence et mutations détectées [s2] | Les mutations identifiées sont comparées à une liste de mutations connues pour conférer une résistance aux antirétroviraux, ce qui génère une liste de médicaments probablement actifs et de médicaments auxquels une résistance est probable. [s2] |
| Étude et population [s4] | Spécimen et période [s4] | Résultat observé [s4] |
|---|---|---|
| 6 837 spécimens non appariés provenant de l’Ouganda, avec des gouttes de sang séché et du plasma; les personnes incluses allaient des enfants aux adultes sous traitement antirétroviral. [s4] | Spécimens analysés au laboratoire entre 2016 et 2019; 3 836 étaient des gouttes de sang séché et 3 001 du plasma. [s4] | Le taux global de réussite du génotypage était de 65,7 % (4 489/6 837), de 49,8 % pour les gouttes de sang séché (1 910/3 836) et de 85,9 % pour le plasma (2 579/3 001). [s4] |
| 96 échantillons de plasma du Botswana dans le Botswana Combination Prevention Project, répartis entre 50 échantillons à 401–999 copies/mL et 46 à au moins 1 000 copies/mL. [s5] | L’étude a amplifié et séquencé la région pol du VIH, comprenant la protéase et la transcriptase inverse, avec une méthode interne et une chimie de séquençage BigDye. [s5] | Le taux de réussite était de 72 % (36/50) à 401–999 copies/mL et de 87 % (40/46) à au moins 1 000 copies/mL; parmi les séquences obtenues, une mutation de résistance majeure ou intermédiaire était observée chez 17 % (6/36) des échantillons à 401–999 copies/mL et 30 % (12/40) des échantillons à au moins 1 000 copies/mL. [s5] |
Seuils de décision et gravité
Les essais génotypiques de résistance nécessitent généralement un ARN VIH supérieur à 500 copies/mL, mais chaque laboratoire peut appliquer ses propres exigences minimales de charge virale. [s2,s3]
Le NIH recommande le test de résistance sous traitement en cas d’ARN VIH supérieur à 200 copies/mL; la recommandation est de niveau AI au-dessus de 1 000 copies/mL, AIII entre 501 et 1 000 copies/mL et CIII pour une valeur confirmée de 201 à 500 copies/mL. [s1]
Pour une valeur confirmée comprise entre 201 et 500 copies/mL, le test peut ne pas réussir mais doit néanmoins être envisagé. [s1]
Facteurs qui faussent le résultat
Le test doit être réalisé pendant que la personne prend le traitement antirétroviral ou, si cela n’est pas possible pour un traitement sans médicament à longue action, dans les quatre semaines suivant son arrêt; après ce délai, des mutations sélectionnées antérieurement peuvent être manquées en raison de la disparition de la pression de sélection médicamenteuse. [s1,s3]
Les essais génotypiques détectent plus facilement les variants viraux fréquents que les variants minoritaires; les tests réalisés sur plasma ne détectent pas le virus archivé non circulant contenant des mutations de résistance. [s2,s3]
Après l’interruption du traitement, le virus sauvage peut redevenir prédominant et un test génotypique fondé sur l’ARN peut alors ne plus détecter une résistance présente à faible niveau. [s2,s3]
Les essais génotypiques fondés sur l’ADN proviral peuvent fournir des informations sur des variants résistants archivés lorsque l’ARN VIH est indétectable ou que la virémie est faible, mais ils peuvent manquer certaines mutations antérieures et leur utilité clinique n’est pas complètement établie. [s1,s2,s3]
Dans l’étude ougandaise, l’échec du génotypage était associé à une faible charge virale, à l’utilisation de gouttes de sang séché, à l’absence de mesure préalable de la charge virale et aux échantillons issus du diagnostic clinique de routine; le taux d’échec était de 50,2 % pour les gouttes de sang séché et de 14,1 % pour le plasma. [s4]
Dans cette même étude, les échantillons avec une charge virale de 1 001–10 000 copies/mL avaient un taux d’échec de 54,4 %, contre 25,4 % entre 10 001 et 50 000 copies/mL, 13,3 % entre 50 001 et 200 000 copies/mL et 9,7 % au-dessus de 200 000 copies/mL. [s4]
Les exigences précises de prélèvement et de spécimen doivent être vérifiées auprès du laboratoire local, car la disponibilité des tests génotypiques évolue. [s2,s3]
Sources
- Panel on Antiretroviral Guidelines for Adults and Adolescents. Laboratory Testing: Drug-Resistance Testing (2024)
- Fine SM. HIV Resistance Assays (2023)
- New York State Department of Health AIDS Institute. HIV Resistance Assays (2023)
- Omooja J, Bbosa N, Lule DB, et al.. HIV-1 drug resistance genotyping success rates and correlates of Dried-blood spots and plasma specimen genotyping failure in a resource-limited setting (2022)
- Bareng OT, Choga WT, Maphorisa ST, et al.. HIV-1C in-House RNA-Based Genotyping Assay for Detection of Drug Resistance Mutations in Samples with Low-Level Viral Loads (2022)
- World Health Organization. HIV drug resistance – brief report 2024 (2024)
- Günthard HF, Calvez V, Paredes R, et al.. Human Immunodeficiency Virus Drug Resistance: 2018 Recommendations of the International Antiviral Society–USA Panel (2019)