Génotypage VHB
Examen biologique : Virologie et infections virales. Dans une étude comparative, le génotypage du VHB a été réalisé sur 80 sérums de patients atteints d’hépatite B chronique positifs pour l’ADN du VHB. Cette étude a comparé l’INNO-LiPA, le séquençage direct et la PCR-RFLP.
À quoi sert cet examen
Les génotypes du VHB présentent des préférences géographiques distinctes; l’étude comparative a évalué des méthodes destinées à attribuer le génotype viral [s1].
Dans les 80 sérums étudiés, l’INNO-LiPA et le séquençage direct ont identifié 63 souches de génotype D, 4 de génotype A et 13 infections mixtes A/D [s1].
Le CDC recommande, pour le dépistage de l’hépatite B, un triple panel comprenant HBsAg, anti-HBs et anticorps total anti-HBc [s3].
Valeurs de référence
| Type de résultat [s1] | Résultat documenté [s1] |
|---|---|
| Génotype D ou A [s1] | Dans l’étude comparative, 63 souches étaient de génotype D et 4 de génotype A selon l’INNO-LiPA et le séquençage direct [s1]. |
| Infection mixte A/D [s1] | 13 souches ont été identifiées comme infections mixtes A/D par l’INNO-LiPA et le séquençage direct [s1]. |
| Résultat indéterminé par PCR-RFLP [s1] | La PCR-RFLP a correctement identifié 60 des 80 échantillons; 7 souches de génotype D ont produit des résultats indéterminés [s1]. |
| Population étudiée [s2] | Résultats de génotypage [s2] |
|---|---|
| Patients camerounais infectés par le VHB [s2] | Les génotypes identifiés étaient A (47,4 %), E (39,5 %), C/E (3,9 %), A/C (2,6 %), A/E (2,6 %), B (1,3 %), A/B (1,3 %) et B/C (1,3 %) [s2]. |
Facteurs qui faussent le résultat
Dans l’étude comparative, l’INNO-LiPA reposait sur une amplification PCR nichée puis une hybridation des amplicons avec des sondes spécifiques de génotype; le séquençage portait sur une région du gène de la polymérase et la PCR-RFLP sur un fragment de 485 pb digéré par cinq enzymes [s1].
Dans cette étude, l’INNO-LiPA et le séquençage direct ont identifié les mélanges A/D, tandis que la PCR-RFLP les a classés comme génotype A; sept souches D ont aussi produit des profils atypiques [s1].
Dans l’étude camerounaise, la charge virale et le génotypage ont été réalisés uniquement chez les cas monoinfectés par le VHB; le plasma a été utilisé pour ces analyses et le test de génotypage était l’INNO-LiPA [s2].
Les auteurs camerounais ont pris en compte des limites de l’INNO-LiPA susceptibles de conduire à une surestimation des génotypes mixtes [s2].
Sources
- Kamkar MM, Hasan F, Ahmad S, et al.. Comparative evaluation of INNO-LiPA HBV assay, direct DNA sequencing and subtractive PCR-RFLP for genotyping of clinical HBV isolates (2010)
- Tufon KA, Meriki HD, Anong DN, et al.. Genetic diversity, viraemic and aminotransferases levels in chronic infected hepatitis B patients from Cameroon (2016)
- Centers for Disease Control and Prevention.. Clinical Testing and Diagnosis for Hepatitis B (2026)