Génotypage VHC

Examen biologique : Virologie et infections virales. Le génotypage du virus de l’hépatite C identifie le génotype viral au moyen de séquences génomiques ou de tests à sondes complémentaires; les différences entre génotypes peuvent avoir une importance thérapeutique. L’AASLD/IDSA indique que le génotypage peut être envisagé lorsqu’il peut modifier les recommandations thérapeutiques; il n’est pas requis avant traitement chez tous les patients lorsque l’on utilise un schéma pangénotypique, mais il est recommandé en cas de cirrhose ou d’échec thérapeutique antérieur lorsque le traitement peut varier selon le génotype.

À quoi sert cet examen

Le génotypage classe le VHC à partir de différences de séquence génomique et peut aider à choisir un traitement dans certaines situations [s1,s5].

Le génotypage peut être envisagé lorsque son résultat est susceptible de modifier les recommandations thérapeutiques [s2].

Chez les personnes avec cirrhose ou ayant déjà échoué à un traitement contre le VHC, l’AASLD/IDSA indique que les schémas peuvent différer selon le génotype et recommande le génotypage avant traitement [s2].

Chez les personnes jamais traitées sans cirrhose, le génotypage n’est pas requis si un traitement pangénotypique est utilisé [s2].

L’EASL recommande un traitement pangénotypique sans détermination du génotype ou du sous-type lorsque cette détermination n’est pas disponible, n’est pas abordable ou limiterait l’accès aux soins [s3].

L’EASL indique que le génotype et le sous-type devraient idéalement être déterminés avant traitement dans les régions où des sous-types présentant une résistance intrinsèque aux inhibiteurs de NS5A sont présents en proportion substantielle, ou chez des migrants provenant de ces régions [s3].

Dans l’étude multicentrique consultée, un résultat « indéterminé » correspondait à une charge virale du VHC détectable sans obtention d’un résultat de génotype avec le test utilisé [s6].

Facteurs qui faussent le résultat

La revue consultée décrit deux familles de méthodes de génotypage du VHC : le séquençage de séquences nucléotidiques génomiques et les tests en kit utilisant des sondes complémentaires; elle cite notamment les régions NS5, core, E1 et 5′UTR [s5].

Dans le protocole CDC spécifiquement consulté, les matrices indiquées sont le sérum, le plasma recalcifié ou le plasma; la préparation mentionne le sérum humain ou le plasma EDTA [s4].

Dans ce même protocole CDC, les échantillons contaminés, hémolysés, mal étiquetés ou mal conservés sont des critères de rejet, et la performance n’est pas établie pour les liquides biologiques autres que le sérum ou le plasma [s4].

Dans le protocole CDC spécifiquement consulté, aucune consigne particulière de jeûne ou de régime n’est requise [s4].

Sources

Organisation mondiale de la Santé. Training workshop on screening, diagnosis and treatment of hepatitis B and C: Testing and serological markers for hepatitis C virus infection (Session 13) (2026)
AASLD/IDSA HCV Guidance Panel. HCV Testing and Linkage to Care – HCV Guidance (2026)
European Association for the Study of the Liver. EASL recommendations on treatment of hepatitis C: Final update of the series (2020)
Centers for Disease Control and Prevention, National Center for Health Statistics. Hepatitis C Genotype Laboratory Procedure Manual (2022)
Gupta et al.. Genotyping & diagnostic methods for hepatitis C virus: A need of low-resource countries (2018)
Chen et al.. Pan-Genotypic Direct-Acting Antiviral Agents for Undetermined or Mixed-Genotype Hepatitis C Infection: A Real-World Multi-Center Effectiveness Analysis (2022)