Identification fongique MALDI-TOF
Examen biologique : Parasitologie et mycologie. Examen qualitatif réalisé sur un isolat fongique cultivé : le profil protéique obtenu par MALDI-TOF est comparé à une base de spectres de référence afin de proposer l’identité du microorganisme. Les performances et le niveau d’identification dépendent de la base de référence et de la procédure validée; les procédures CDC prévoient une autre méthode lorsqu’aucune identification n’est obtenue après répétition.
À quoi sert cet examen
Le test identifie des microorganismes, notamment des bactéries et des champignons, à partir des protéines d’une colonie isolée; le spectre de masse obtenu est comparé à une base de spectres protéiques de référence [s3].
Les procédures CDC décrivent le MALDI-TOF pour l’identification d’isolats de levures et de moisissures filamenteuses [s1,s2].
Une revue PubMed décrit l’utilisation du MALDI-TOF pour l’identification de levures ainsi que de champignons dimorphiques et filamenteux cultivés, en présentant ses avantages et ses limites [s4].
Une étude primaire portant sur des isolats d’Aspergillus, de Fusarium et de Mucorales conclut que la méthode est adaptée à l’identification de routine des champignons filamenteux en microbiologie médicale [s6].
Valeurs de référence
| Résultat qualitatif [s3] | Portée documentée [s1,s2,s3] |
|---|---|
| Identification au niveau de l’espèce [s1,s2] | Une identification d’espèce est rapportée selon les critères de score des procédures CDC utilisant la plateforme Bruker Biotyper [s1,s2] |
| Identification au niveau du genre [s2] | Pour les moisissures, la procédure CDC prévoit un niveau genre lorsque le score se situe entre 1,7 et 1,9 [s2] |
| Aucune identification [s1,s2] | La procédure prévoit de répéter l’extraction et la soumission avec une nouvelle sous-culture; si l’identification échoue encore, l’isolat doit être identifié par une autre méthode [s1] |
Le résultat attendu est une identification nominale de l’isolat, et non une concentration; LOINC décrit une observation nominale d’un microorganisme identifié dans un isolat par MS.MALDI-TOF [s3].
Le laboratoire fait foi pour la méthode, la base de référence, les critères de score et le compte rendu final; les seuils ci-dessous sont ceux des procédures CDC consultées et ne constituent pas un seuil universel indépendant de la plateforme [s1,s2,s5].
Seuils de décision et gravité
Dans la procédure CDC pour les levures sur Bruker Biotyper, un score de correspondance supérieur à 2,0 est indiqué comme acceptable pour une identification d’espèce; la procédure d’interprétation précise qu’une espèce est identifiée si le score est supérieur ou égal à 2 pour au moins un duplicata [s1].
Dans la procédure CDC pour les moisissures sur Bruker Biotyper, un score supérieur ou égal à 2,0 pour au moins un duplicata est associé à l’identification d’espèce, tandis qu’un score compris entre 1,7 et 1,9 est associé au seul niveau du genre [s2].
Pour le contrôle des moisissures dans la procédure CDC, au moins un duplicata de chaque souche de contrôle doit produire un score supérieur ou égal à 1,7 avec une identification correcte du genre et sans résultat contradictoire entre les duplicata [s2].
Facteurs qui faussent le résultat
La méthode ne peut identifier que les organismes présents dans les bases de données de référence; le CDC décrit cette couverture comme une limitation importante, notamment pour les agents émergents qui peuvent ne pas encore y figurer [s5].
Dans la procédure CDC pour les levures, les organismes conservés à 4 °C ou moins ne doivent pas être utilisés, car cette conservation a un effet négatif sur la qualité des spectres et leur reproductibilité [s1].
Les procédures CDC demandent de vérifier les souches de contrôle avant l’interprétation; elles décrivent aussi la réalisation de la préparation dans une enceinte de sécurité biologique [s1,s2].
Pour les moisissures, la procédure CDC demande de répéter l’extraction et la soumission avec une nouvelle sous-culture si aucune identification d’espèce n’est obtenue [s2].
Sources
- Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Identification of Yeasts Using MALDI-TOF (2026)
- Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Identification of Molds Using MALDI-TOF (2026)
- LOINC, Regenstrief Institute. LOINC 76346-6 Microorganism identified in Isolate by MS.MALDI-TOF (2026)
- Patel R. A Moldy Application of MALDI: MALDI-ToF Mass Spectrometry for Fungal Identification (2019)
- Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Candida auris for the clinical microbiology laboratory (2026)
- De Carolis E, Posteraro B, Lass-Flörl C, Vella A, Florio AR, Torelli R, Girmenia C, Colozza C, Tortorano AM, Sanguinetti M, Fadda G. Species identification of Aspergillus, Fusarium and Mucorales with direct surface analysis by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (2011)