PCR Aspergillus

À quoi sert cet examen

La PCR Aspergillus est une méthode moléculaire étudiée pour la détection de l’ADN d’Aspergillus et l’aide à la classification des maladies fongiques invasives; la PCR sur le sang et les échantillons respiratoires a été intégrée à la deuxième révision des définitions EORTC/MSGERC [s1].

La méthode a fait l’objet d’efforts de standardisation, de panels de contrôle qualité, de la disponibilité d’essais commerciaux et d’une validation clinique supplémentaire avant son inclusion dans ces définitions [s1].

Dans le contexte de l’aspergillose pulmonaire chronique, le CDC décrit la détection d’Aspergillus dans les voies aériennes par amplification des acides nucléiques, dont la PCR, comme un marqueur microbiologique utilisable; ce contexte ne doit pas être transposé aux autres formes d’aspergillose [s7].

Valeurs de référence

Examen qualitatif : les études consultées rapportent des résultats PCR positifs et négatifs, sans intervalle de référence chiffré applicable à toutes les matrices ou à toutes les méthodes [s3,s4,s5].

Résultat attendu documenté par les études : ADN d’Aspergillus détecté ou non détecté; le résultat doit être rattaché à la matrice et à la méthode utilisées [s3,s4,s5].

Interprétation

La détection de l’ADN d’Aspergillus dans le sang ou un échantillon respiratoire constitue le type de résultat moléculaire pris en compte par les travaux d’appui aux définitions EORTC/MSGERC; elle ne fournit pas, à elle seule, une interprétation indépendante de la matrice et du contexte de la définition [s1].

Pour le tissu, la combinaison décrite par le sous-comité EORTC/MSGERC est la présence d’éléments fongiques à l’histologie puis l’identification par PCR suivie de séquençage; cette combinaison peut satisfaire la définition d’une infection fongique prouvée identifiée au genre ou à l’espèce, même sans culture [s6].

Facteurs qui faussent le résultat

Pour le sang total, la sensibilité était corrélée à l’extraction incorporant le broyage, un tampon de lyse des leucocytes et un contrôle PCR interne; des volumes d’élution supérieurs à 100 µL étaient négativement corrélés à la sensibilité, et l’efficacité globale était limitée par l’extraction plutôt que par l’amplification [s2].

Dans l’étude de standardisation, 50 % des centres n’atteignaient pas le même niveau de détection lorsque l’amplification PCR était combinée à l’extraction de l’ADN; la positivité dépendait de la charge fongique [s2].

Dans une méta-analyse de 22 cohortes portant sur la PCR sanguine, la prophylaxie anti-moisissures ne modifiait pas la sensibilité mais diminuait significativement la spécificité : réduction de 26 % avec le seuil d’un seul résultat positif et de 12 % avec le seuil d’au moins deux résultats positifs consécutifs [s3].

Dans une étude comparant des prélèvements réalisés le même jour chez 53 patients immunodéprimés, la sensibilité de la PCR Aspergillus était de 44 % dans le BALF et de 0 % dans le sang; ces valeurs sont propres à cette étude, à ses matrices et à sa définition de référence [s4].

Dans une évaluation de deux kits de PCR en temps réel sur 73 échantillons de BAL, les sensibilités observées chez les patients classés comme aspergillose pulmonaire invasive probable étaient de 81 % et 71 %, avec une spécificité de 100 % pour chacun des kits évalués; ces performances ne sont pas des valeurs de référence générales [s5].

Dans une étude rétrospective de patients hématologiques, la sensibilité de la PCR Aspergillus était de 83,0 % dans le BALF et de 51,7 % dans le sang; dans le sang, elle était de 38,6 % après au moins 7 jours de traitement antifongique contre 57,0 % avant 7 jours, tandis qu’aucun effet n’était observé sur les résultats du BALF [s8].

Pour l’expectoration dans l’aspergillose pulmonaire chronique, le CDC indique que la qualité et la quantité de l’échantillon influencent la performance et que la spécificité peut être faible selon le seuil utilisé; ces éléments sont spécifiques à cette matrice et à ce contexte [s7].

Sources

1. White PL, Bretagne S, Caliendo AM, Loeffler J, Patterson TF, Slavin M, Wingard JR. Aspergillus Polymerase Chain Reaction-An Update on Technical Recommendations, Clinical Applications, and Justification for Inclusion in the Second Revision of the EORTC/MSGERC Definitions of Invasive Fungal Disease (2021)
2. White PL, Bretagne S, Klingspor L, Melchers WJG, McCulloch E, Schulz B, Finnstrom N, Mengoli C, Barnes RA, Donnelly JP, Loeffler J; European Aspergillus PCR Initiative. Aspergillus PCR: one step closer to standardization (2010)
3. Cruciani M, White PL, Mengoli C, Löffler J, Morton CO, Klingspor L, Buchheidt D, Maertens J, Heinz WJ, Rogers TR, Weinbergerova B, Warris A, Lockhart DEA, Jones B, Cordonnier C, Donnelly JP, Barnes RA; Fungal PCR Initiative. The impact of anti-mould prophylaxis on Aspergillus PCR blood testing for the diagnosis of invasive aspergillosis (2021)
4. Eigl S, Hoenigl M, Spiess B, Heldt S, Prattes J, Neumeister P, Wolfler A, Rabensteiner J, Prueller F, Krause R, Reinwald M, Flick H, Buchheidt D, Boch T. Galactomannan testing and Aspergillus PCR in same-day bronchoalveolar lavage and blood samples for diagnosis of invasive aspergillosis (2017)
5. Denis J, Forouzanfar F, Herbrecht R, Toussaint E, Kessler R, Sabou M, Candolfi E, Letsher-Bru V. Evaluation of Two Commercial Real-Time PCR Kits for Aspergillus DNA Detection in Bronchoalveolar Lavage Fluid in Patients with Invasive Pulmonary Aspergillosis (2018)
6. Lockhart SR, Bialek R, Kibbler CC, Cuenca-Estrella M, Jensen HE, Kontoyiannis DP. Molecular Techniques for Genus and Species Determination of Fungi From Fresh and Paraffin-Embedded Formalin-Fixed Tissue in the Revised EORTC/MSGERC Definitions of Invasive Fungal Infection (2021)
7. Denning DW, Page ID, Chakaya J, Jabeen K, Jude CM, Cornet M, Alastruey-Izquierdo A, Chakrabarti A, Bongomin F, Hoenigl M, Irfan M, Oladele RO, Richardson MD, Rodriguez Tudela JL, Rozaliyani A, Salzer HJF, Sawyer R, Simukulwa NF, Skrahina A, Sriruttan C, Setianingrum F, Wilopo BAP, Cole DC, Getahun H. Case Definition of Chronic Pulmonary Aspergillosis in Resource-Constrained Settings (2018)
8. Xu CH, Zhang LN, Liu T, Zhu GQ, Fan YP, Chen X, Shen YY, Yu YT, Shi YY, Jiang EL, Feng SZ. Performance of Galactomannan, Aspergillus-PCR, and Metagenomic sequencing for the diagnosis of invasive pulmonary aspergillosis in hematological patients (2025)