PCR fièvre jaune (référence spécialisée)

À quoi sert cet examen

La RT-PCR recherche directement l’ARN du virus de la fièvre jaune dans un échantillon clinique et contribue à la confirmation de laboratoire d’un cas suspect, en complément des données cliniques, épidémiologiques et de l’historique vaccinal [s1,s2].

Elle est particulièrement utile au début de la maladie, lorsque le virus ou son ARN peut encore être détecté dans le sérum; les méthodes moléculaires font partie des approches diagnostiques réalisées dans des laboratoires spécialisés ou de référence [s2,s3,s4].

• Cas suspect avec prélèvement sanguin obtenu précocement après le début des symptômes [s1,s3].
• Investigation d’une transmission locale ou d’un épisode épidémique nécessitant une confirmation virologique [s1].
• Situation où une confirmation spécialisée est nécessaire et où le laboratoire national doit adresser l’échantillon à un laboratoire régional de référence de l’OMS ou à un laboratoire reconnu [s1].

Valeurs de référence

Examen qualitatif : résultat attendu **non détecté**; aucun intervalle numérique par âge ou par sexe ne s’applique à ce test dans les sources consultées [s1,s2].

Seuils de décision et gravité

Fenêtre pré-analytique OMS : la RT-PCR doit être réalisée sur du sang prélevé dans les 10 jours suivant le début des symptômes; si elle est réalisée immédiatement après le début des symptômes, avant 3 jours, un résultat négatif doit être réévalué par un nouveau prélèvement 3 jours après le début des symptômes [s1].

La fenêtre de détection n’est pas un seuil diagnostique universel : le CDC indique que l’ARN viral peut être détecté surtout pendant les premiers jours et généralement au cours de la première semaine, mais qu’un résultat RT-PCR négatif ne suffit pas à exclure la fièvre jaune [s2].

Interprétation

Résultat **non détecté** : l’ARN du virus n’a pas été détecté dans l’échantillon selon la méthode utilisée; ce résultat ne permet pas, à lui seul, d’exclure l’infection lorsque le prélèvement est tardif ou lorsque la virémie est déjà transitoirement absente [s1,s2,s3].

Dans l’algorithme OMS, un prélèvement sanguin négatif en RT-PCR est considéré avec les résultats IgM et le contexte; un résultat négatif à un seul des deux tests ne règle pas à lui seul la question de l’infection [s1].

Résultat **détecté** : présence d’ARN du virus de la fièvre jaune dans le sang; chez une personne sans antécédent de vaccination récente, ce résultat répond au critère OMS de confirmation de laboratoire [s1].

Un résultat détecté est compatible avec une infection par le virus de la fièvre jaune et doit être interprété avec les informations cliniques, épidémiologiques et vaccinales demandées par le laboratoire [s1,s2].

Facteurs qui faussent le résultat

Moment du prélèvement : la virémie est transitoire; le CDC indique que le virus ou son ARN est souvent détectable dans le sérum pendant les 3 à 4 premiers jours, puis qu’il peut ne plus être détectable lorsque les symptômes manifestes sont reconnus; l’ARN peut persister typiquement pendant la première semaine [s2].

Type d’échantillon : la validation OMS porte actuellement sur le sang; la salive et l’urine ne sont pas des matrices validées par cette directive [s1].

Divergence à signaler : une étude de 60 patients a détecté de l’ARN du virus dans 15 échantillons urinaires de phase aiguë jusqu’à 15 jours après le début des symptômes et dans 4 échantillons de phase de convalescence jusqu’à 69 jours; les auteurs précisent qu’un résultat urinaire négatif n’exclut pas l’infection et que cette utilisation doit être interprétée avec prudence [s5].

Vaccination récente : l’historique vaccinal doit être recueilli; l’OMS indique que les tests actuels ne différencient pas toujours la réponse liée au vaccin de celle liée au virus sauvage, et que les résultats chez les personnes vaccinées dans les 30 jours doivent être interprétés au cas par cas [s1,s2].

Informations accompagnant l’échantillon : âge, sexe, lieu de résidence, début des symptômes, historique vaccinal et voyage sont nécessaires à l’interprétation correcte selon l’OMS [s1].

Sérodiagnostic complémentaire : les réactions croisées avec d’autres flavivirus peuvent concerner les tests sérologiques; l’OMS et le CDC recommandent alors une approche différentielle ou un test plus spécifique, ce qui ne constitue pas une interférence démontrée de la RT-PCR elle-même [s1,s2].

Transport, conservation détaillée, jeûne, médicaments et grossesse : non disponibles dans les sources consultées pour cette fiche [s1,s2,s3].

Sources

1. World Health Organization. Yellow fever laboratory diagnostic testing in Africa (2026)
2. Centers for Disease Control and Prevention. Clinical Features and Diagnosis of Yellow Fever (2025)
3. Centers for Disease Control and Prevention. Yellow Fever (2025)
4. Waggoner JJ, Pinsky BA. Yellow Fever Virus: Diagnostics for a Persistent Arboviral Threat (2018)
5. de Rezende IM et al.. Yellow Fever Molecular Diagnosis Using Urine Specimens during Acute and Convalescent Phases of the Disease (2022)