PCR Mpox

À quoi sert cet examen

Confirmer en laboratoire la présence de séquences d’ADN du virus Mpox chez une personne répondant à une définition de cas suspect, au moyen d’une amplification d’acides nucléiques [s1,s6].

La PCR en temps réel est la méthode moléculaire utilisée pour le diagnostic du Mpox sur du matériel de lésion cutanée ; des essais spécifiques du MPXV ou des essais génériques d’orthopoxvirus sont disponibles [s4,s5].

Un prélèvement conservé pour des analyses complémentaires peut permettre une caractérisation supplémentaire, notamment en cas de besoin de test spécifique de clade ; l’OMS 2024 souligne les stratégies destinées à éviter les échecs de cible génétique et à déterminer les clades [s2,s4].

La PCR peut confirmer le diagnostic dans le contexte clinique approprié ; l’examen ne remplace pas l’évaluation clinique, épidémiologique et différentielle [s6,s7].

Valeurs de référence

Résultat attendu (examen qualitatif) : **non détecté**. Le compte rendu qualitatif peut utiliser les catégories détecté/positif ou non détecté/négatif ; le code LOINC 100383-9 est une observation ordinale avec une liste de réponses positive et négative [s1,s8].

Aucun intervalle de référence numérique ne s’applique à cette PCR qualitative ; l’interprétation dépend de la cible, du prélèvement et de la méthode validée par le laboratoire [s1,s2,s8].

Valeur ou intervalle populationnel africain spécifique : **non disponible** dans les sources consultées ; pour cet examen qualitatif, le résultat attendu reste non détecté et non une plage chiffrée [s1,s8].

Valeur ou intervalle pédiatrique spécifique : **non disponible** dans les sources consultées ; aucune plage numérique par âge n’est applicable à ce résultat qualitatif [s1,s8].

Seuils de décision et gravité

Seuil numérique, valeur critique ou seuil décisionnel : **non disponible** dans les sources consultées ; le test est décrit par une présence/absence qualitative de la cible nucléique [s1,s8].

Interprétation

Résultat non détecté/négatif : la cible de l’essai n’a pas été détectée dans l’échantillon examiné ; ce résultat doit être rapproché de la qualité et du site du prélèvement, car les recommandations insistent sur le matériel de lésion cutanée et une collecte adéquate [s1,s3].

Une cause unique d’un résultat non détecté, un seuil de négativité ou une limite de détection universelle ne sont pas disponibles dans les sources consultées ; ces éléments dépendent de l’essai validé par le laboratoire [s2,s8].

Résultat détecté/positif : des séquences d’ADN du virus Mpox ont été détectées par amplification dans le prélèvement ; la confirmation repose sur une NAAT, notamment une PCR en temps réel ou conventionnelle [s1,s6].

Un essai générique d’orthopoxvirus peut nécessiter une caractérisation supplémentaire ; l’OMS recommande des stratégies réduisant les échecs de cible et permettant de déterminer le clade lorsque cela est indiqué [s2,s5].

Un résultat détecté décrit la cible analytique dans l’échantillon et ne doit pas être reformulé comme un diagnostic isolé en dehors du contexte clinique et épidémiologique [s6,s7].

Facteurs qui faussent le résultat

Prélèvement : utiliser du matériel de lésion cutanée, notamment la surface de la lésion, l’exsudat ou la croûte ; le choix peut varier selon la phase de l’éruption [s1,s3].

Quantité et représentativité : recueillir deux écouvillons de chaque lésion, de préférence sur des lésions de sites corporels différents ou d’aspects différents ; le CDC indique généralement 2 à 3 lésions pour le prélèvement initial [s3,s4].

Dispositif : utiliser uniquement des écouvillons stériles synthétiques ; ne pas utiliser d’écouvillon en coton ou avec mousse [s3].

Geste : ne pas décapiter, aspirer ou ouvrir la lésion avec un instrument tranchant ; frotter vigoureusement la lésion selon la procédure du laboratoire, sans contaminer les gants [s3].

Conditionnement : placer séparément les écouvillons provenant des lésions, croûtes et exsudats dans des contenants stériles étanches ; les contenants en verre ne sont pas recommandés [s3].

Biosécurité : appliquer les précautions standard et l’équipement de protection approprié ; la manipulation des échantillons doit suivre une approche fondée sur le risque [s1,s3,s5].

Transport et conservation : les exigences de température, d’emballage et d’expédition doivent être confirmées avec le laboratoire destinataire ; un échantillon reçu hors de la plage acceptable peut être rejeté [s3].

Délai indicatif : le CDC indique que les résultats sont habituellement disponibles en 2 à 4 jours ; ce délai dépend du circuit local et du laboratoire [s4].

Méthode et interprétation : les essais spécifiques du MPXV et les essais génériques d’orthopoxvirus n’ont pas exactement la même portée ; les échecs de cible génétique et le besoin d’une caractérisation de clade doivent être considérés selon la stratégie retenue [s2,s5].

Sérologie : les tests sérologiques ont une valeur limitée pour le diagnostic du Mpox en raison de la réactivité croisée entre orthopoxvirus humains ; cette limite ne constitue pas une modification de la PCR elle-même [s5].

Sources

1. Organisation mondiale de la Santé (OMS/WHO). Laboratory testing for the monkeypox virus: interim guidance, 23 May 2022 (2022)
2. Organisation mondiale de la Santé (OMS/WHO). Diagnostic testing for the monkeypox virus (MPXV): interim guidance, 10 May 2024 (2024)
3. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Collecting and Handling Specimens for Monkeypox PCR Testing (2026)
4. Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Diagnostic Testing for Monkeypox (2026)
5. European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). Factsheet for health professionals on mpox (2026)
6. Moore MJ. Mpox (Monkeypox) (2023)
7. MedlinePlus / U.S. National Library of Medicine. Mpox: MedlinePlus Medical Encyclopedia (2025)
8. LOINC / Regenstrief Institute. LOINC 100383-9 — Monkeypox virus DNA [Presence] in Specimen by NAA with probe detection (2026)