PCR rhinovirus/entérovirus
Examen biologique : Virologie et infections virales. Des publications décrivent des tests de transcription inverse suivie de PCR pour détecter les rhinovirus et les entérovirus dans des spécimens cliniques. L'interprétation d'une détection doit être rapprochée du contexte clinique, car un résultat positif dans certains spécimens respiratoires peut ne pas signifier que le virus est la cause de l'infection.
À quoi sert cet examen
La RT-PCR est décrite comme une méthode sensible et spécifique pour détecter les rhinovirus et les entérovirus, dont les séquences présentent des similarités qui compliquent leur différenciation [s5].
Une étude de méthode a décrit une RT-PCR consensus capable de reconnaître les prototypes et des souches de terrain d'entérovirus; elle a été évaluée sur des échantillons cliniques congelés [s3].
Le CDC indique que les infections à entérovirus non poliomyélitiques peuvent être confirmées par des essais PCR et par séquençage, ou par isolement en culture cellulaire suivi d'une PCR d'identification [s1].
Le CDC recommande d'envisager une infection à EV-D68 dans certaines maladies respiratoires aiguës sévères inexpliquées, notamment lorsqu'un test moléculaire est positif pour un rhinovirus ou un entérovirus; cette indication concerne l'EV-D68 et ne constitue pas une identification de l'espèce par la PCR générique [s4].
Facteurs qui faussent le résultat
Les similarités de séquence entre rhinovirus et entérovirus compliquent la détection différentielle; une publication décrit donc des sondes permettant une identification groupée séparée des HRV et des HEV [s5].
Selon le CDC, un résultat positif pour un entérovirus non poliomyélitique dans un écouvillon respiratoire ou rectal ne signifie pas nécessairement que le virus est la cause de l'infection, car ces virus peuvent être excrétés pendant plusieurs semaines après la disparition des symptômes [s1].
Dans l'étude multicentrique du panel FilmArray RP2, le résultat de chaque cible valide était rendu « detected » ou « not detected », et l'échec d'un contrôle interne rendait le résultat de toutes les cibles « invalid »; ces modalités décrivent ce panel étudié et ne sont pas transposées au test générique du catalogue [s6].
Pour les prélèvements d'entérovirus destinés au CDC, la page de collecte indique que les écouvillons nasopharyngés/oropharyngés sont conservés dans un milieu de transport viral, congelés à une température inférieure ou égale à −20 °C et expédiés sur glace carbonique; ces conditions sont celles du circuit CDC décrit et ne définissent pas la matrice ou la logistique du test générique [s2].
Sources
- Centers for Disease Control and Prevention. Laboratory Testing for Non-Polio Enterovirus (2024)
- Centers for Disease Control and Prevention. Non-Polio Enterovirus Specimen Collection (2024)
- Bourlet T, et al.. New PCR Test That Recognizes All Human Prototypes of Enterovirus: Application for Clinical Diagnosis (2003)
- Centers for Disease Control and Prevention. Clinical Overview of Enterovirus D68 (2025)
- Österback R, Tevaluoto T, Ylinen T, et al.. Simultaneous Detection and Differentiation of Human Rhino- and Enteroviruses in Clinical Specimens by Real-Time PCR with Locked Nucleic Acid Probes (2013)
- Leber AL, Everhart K, Daly JA, et al.. Multicenter Evaluation of BioFire FilmArray Respiratory Panel 2 for Detection of Viruses and Bacteria in Nasopharyngeal Swab Samples (2018)