PCR sapovirus
Examen biologique : Virologie et infections virales. La PCR sapovirus est un examen moléculaire qualitatif qui recherche l’ARN du sapovirus, habituellement dans les selles, par RT-PCR ou RT-qPCR. Elle contribue à identifier un agent de gastro-entérite aiguë lorsque la présentation clinique ne permet pas de distinguer le sapovirus d’autres virus entériques; le résultat doit être interprété avec la qualité de l’échantillon, la méthode utilisée et la possibilité de co-infections.
À quoi sert cet examen
Les sapovirus causent des gastro-entérites aiguës chez des personnes de tout âge, dans des cas sporadiques comme lors d’épisodes groupés; leurs symptômes peuvent être indiscernables de ceux d’une gastro-entérite à norovirus, ce qui rend le diagnostic de laboratoire utile [s1].
La RT-PCR est largement utilisée pour rechercher le sapovirus dans les prélèvements cliniques en raison de sa sensibilité et de sa réactivité étendue, alors que les tests antigéniques sensibles et les systèmes de culture cellulaire sont limités [s1,s5].
La détection moléculaire dans les selles permet d’identifier le sapovirus parmi les causes de diarrhée aiguë et peut être complétée par un séquençage pour la caractérisation moléculaire ou la surveillance épidémiologique [s2,s3].
Dans une étude d’évaluation, un panel de selles d’adultes négatives pour le norovirus contenait aussi des sapovirus; cela soutient la recherche d’autres virus entériques lorsque le contexte clinique le justifie, sans établir à lui seul la cause de la diarrhée [s4].
Une étude menée sur des selles de patients hospitalisés en Tanzanie a évalué un test multiplex de RT-PCR comprenant le sapovirus et un contrôle exogène d’extraction/amplification; les performances restent dépendantes du protocole et du laboratoire [s8].
Valeurs de référence
| Résultat qualitatif attendu [s1,s2] | Signification analytique et limites [s1,s4,s7] |
|---|---|
| ARN de sapovirus détecté / positif [s1,s2] | L’ARN cible du sapovirus est détecté dans l’échantillon de selles par la méthode utilisée; ce résultat documente une détection moléculaire dans ce prélèvement et doit être confronté au contexte clinique et aux co-infections possibles [s1,s7]. |
| ARN de sapovirus non détecté / négatif [s1,s2] | Aucun ARN cible n’est détecté dans l’échantillon par la méthode employée; ce résultat est limité à l’échantillon, aux cibles et aux conditions analytiques validées et aucune règle universelle d’exclusion clinique n’a été fournie dans les sources lues [s1,s2]. |
Pour cet examen qualitatif, le résultat attendu est « détecté » ou « non détecté »; il n’existe pas d’intervalle de référence numérique ni d’unité de concentration universelle à appliquer à la fiche [s1,s2,s4].
Le laboratoire fait foi pour la méthode validée, les cibles génomiques, le type de spécimen accepté, les contrôles et le compte rendu final; les performances publiées d’un essai particulier ne constituent pas un seuil universel [s1,s2,s4].
Seuils de décision et gravité
Aucun seuil clinique ou seuil décisionnel universel n’a été fourni par les sources consultées [s1,s2,s3,s4].
Un essai TaqMan de recherche a détecté aussi peu que 10 copies d’ADNc viral par réaction; cette limite analytique appartient à cet essai et ne doit pas être transposée comme seuil de positivité de toutes les PCR sapovirus [s2].
Interprétation
Non applicable comme valeur diminuée: un résultat non détecté est un résultat qualitatif et ne signifie pas une concentration abaissée mesurable [s1,s2].
Non applicable comme valeur augmentée: la PCR sapovirus est rapportée qualitativement en présence ou absence d’ARN cible; une charge virale ou une concentration n’est pas fournie par défaut dans les sources consultées [s1,s2,s4].
Facteurs qui faussent le résultat
La diversité génétique et antigénique des sapovirus peut influencer la couverture d’une méthode; les essais RT-PCR publiés diffèrent par leurs amorces, sondes et groupes génétiques détectés [s1,s2].
La méthode de Chan et collaborateurs ciblait la jonction des gènes de l’ARN polymérase ARN-dépendante et de la capside, détectait plusieurs groupes génétiques humains et n’a pas montré de réactivité croisée avec les norovirus ou rotavirus dans l’évaluation publiée; ces propriétés sont propres à l’essai évalué [s2].
Dans l’évaluation suisse d’un test RT-PCR commercial sur selles adultes, la sensibilité rapportée pour le sapovirus était de 100 % et la spécificité de 98,1 à 100 %; ces chiffres décrivent cette méthode, sa comparaison de référence et sa population d’étude, et ne sont pas des valeurs universelles [s4].
La qualité, la quantité et la représentativité de l’échantillon de selles, ainsi que l’extraction et l’amplification, peuvent modifier la détection; le multiplex étudié en Tanzanie utilisait un contrôle exogène pour surveiller ces étapes [s8].
Les co-infections par plusieurs agents entériques sont décrites et compliquent l’attribution de la diarrhée à un seul agent; un résultat sapovirus positif ne remplace donc pas l’évaluation du contexte clinique et des autres résultats microbiologiques [s3,s7].
Chez des personnes immunodéprimées, des infections prolongées avec détection d’ARN de sapovirus dans les selles ont été décrites; la persistance de la détection doit être interprétée avec le terrain et l’évolution, sans constituer à elle seule un diagnostic [s6].
Aucune information suffisamment précise n’a été lue sur un effet du jeûne, d’un médicament ou de la grossesse sur la performance de cette PCR; donnée non disponible dans les sources consultées [s1,s2,s4,s5].
Sources
- Oka T, Wang Q, Katayama K, Hansman GS, Kageyama T, Saif LJ. Comprehensive review of human sapoviruses (2015)
- Chan MCW, Sung JJY, Lam RKY, Chan PKS. Sapovirus detection by quantitative real-time RT-PCR in clinical stool specimens (2006)
- Diez Valcarce M, Kambhampati AK, Calderwood LE, Hall AJ. Global distribution of sporadic sapovirus infections: A systematic review and meta-analysis (2021)
- Redli PM, Wanzenried A, Huder JB, Berger C. Evaluation of the RIDA®GENE RT-PCR assays for detection of sapovirus, astrovirus, adenovirus, and rotavirus in stool samples of adults in Switzerland (2020)
- Bennett S, Gunson RN. The development of a multiplex real-time RT-PCR for the detection of adenovirus, astrovirus, rotavirus and sapovirus from stool samples (2017)
- Pietsch C, Liebert UG et collaborateurs. Intrahost viral evolution during chronic sapovirus infections (2019)
- Becker-Dreps S, González F, Bucardo F. Sapovirus: an emerging cause of childhood diarrhea (2020)
- Liu J, Kibiki G, Maro V, Maro A et collaborateurs. Multiplex reverse transcription PCR Luminex assay for detection and quantitation of viral agents of gastroenteritis (2011)