PCR SARS-CoV-2
Examen biologique : Virologie et infections virales. La PCR SARS-CoV-2 est un test moléculaire qui détecte l’ARN viral; la PCR est le type de NAAT le plus couramment utilisé pour le dépistage diagnostique de la COVID-19. Le résultat est généralement qualitatif et doit être interprété avec la notice du test, le prélèvement et le contexte clinique.
À quoi sert cet examen
La PCR SARS-CoV-2 détecte le matériel génétique du virus, c’est-à-dire des séquences d’ARN; les tests PCR sont le type de test d’amplification des acides nucléiques (NAAT) le plus courant pour le diagnostic de la COVID-19 [s3,s4,s8].
Les tests viraux, dont les NAAT et les PCR, sont utilisés pour détecter une infection actuelle par le SARS-CoV-2, orienter les mesures de prévention et informer la prise en charge médicale [s3].
L’OMS a publié une orientation intérimaire consacrée au diagnostic du SARS-CoV-2 pour les laboratoires et les autres acteurs du diagnostic [s1].
Chez les personnes symptomatiques chez lesquelles une COVID-19 est suspectée, l’IDSA recommande un NAAT SARS-CoV-2 [s5].
Valeurs de référence
Résultat attendu d’un test qualitatif : « positif » ou « SARS-CoV-2 détecté » lorsque le test détecte l’ARN viral; « négatif » lorsque le test ne détecte pas le virus dans l’échantillon analysé [s2,s3,s4].
Seuils de décision et gravité
L’interprétation du seuil de positivité et toute éventuelle modification manuelle du seuil PCR doivent suivre intégralement la notice d’utilisation (IFU) du test; l’OMS demande de vérifier dans cette notice si un ajustement du seuil est recommandé [s2].
Pour les résultats faiblement positifs, l’OMS demande une interprétation prudente; lorsque le résultat ne concorde pas avec la présentation clinique, elle recommande de prélever un nouvel échantillon et de répéter le test avec la même technologie NAT ou une autre [s2].
Interprétation
Un résultat négatif signifie que le test n’a pas détecté le virus, mais n’exclut pas une infection; il représente une photographie de la période entourant le prélèvement et le résultat peut changer si le test est répété quelques jours plus tard [s3].
L’IDSA suggère un seul NAAT et déconseille de répéter systématiquement le test après un résultat négatif; si une répétition est jugée nécessaire, elle devrait généralement avoir lieu 24 à 48 heures après le premier test, notamment en cas de symptômes nouveaux ou aggravés ou de prélèvement mal réalisé [s5].
Un résultat viral positif indique une infection actuelle par le SARS-CoV-2 [s3].
L’OMS indique que, lorsque la prévalence diminue, le risque de résultat faussement positif augmente et la probabilité qu’un résultat positif corresponde à une véritable infection diminue, quelle que soit la spécificité revendiquée [s2].
Facteurs qui faussent le résultat
Le type d’échantillon dépend du test réalisé et des instructions du fabricant; certains types d’échantillons ne conviennent pas à tous les tests, donc la matrice générique du catalogue ne peut pas être fixée sans l’IFU du test utilisé [s4,s7].
Un prélèvement mal réalisé peut être rejeté par le laboratoire ou conduire à un résultat faussement négatif ou non concluant [s7].
L’efficacité du test dépend notamment du prélèvement, du stockage et du traitement de l’échantillon, des performances analytiques du test et du fait que les personnes testées soient symptomatiques ou asymptomatiques [s6].
L’interprétation doit tenir compte du moment du prélèvement, du type d’échantillon, des caractéristiques du test, des observations cliniques, des antécédents, du statut confirmé des contacts et des données épidémiologiques [s2].
L’ARN viral peut rester présent dans l’organisme jusqu’à 90 jours après un résultat positif; le CDC indique donc de ne pas utiliser un NAAT pour tester une personne ayant eu un résultat positif au cours des 90 derniers jours [s3].
Sources
- Organisation mondiale de la Santé. Diagnostic testing for SARS-CoV-2 (2020)
- Organisation mondiale de la Santé. WHO Information Notice for Users 2020/05: Nucleic acid testing (NAT) technologies that use polymerase chain reaction (PCR) for detection of SARS-CoV-2 (2021)
- Centers for Disease Control and Prevention. Overview of Testing for SARS-CoV-2 (2024)
- Centers for Disease Control and Prevention. Nucleic Acid Amplification Tests (NAATs) (2023)
- Infectious Diseases Society of America. IDSA Guidelines on the Diagnosis of COVID-19 (2023)
- Peter A. Zimmerman, Christopher L. King, Mahmoud Ghannoum et al.. Molecular Diagnosis of SARS-CoV-2: Assessing and Interpreting Nucleic Acid and Antigen Tests (2021)
- Centers for Disease Control and Prevention. Interim Guidelines for Collecting and Handling of Clinical Specimens for COVID-19 Testing (2024)
- U.S. Food and Drug Administration. COVID-19 Test Basics (2023)