PCR Zika

Examen biologique : Virologie et infections virales. La PCR Zika est un examen moléculaire qualitatif qui recherche l’ARN du virus Zika dans un échantillon clinique par NAAT, notamment par RT-PCR; le code LOINC 85622-9 correspond à la présence d’ARN du virus Zika dans le sérum ou le plasma. Elle contribue à confirmer directement une infection récente lorsque l’ARN est détectable, mais un résultat non détecté n’exclut pas à lui seul une infection récente, notamment lorsque le prélèvement est tardif ou inadéquat.

À quoi sert cet examen

La PCR Zika détecte directement le matériel génétique viral; l’OMS décrit les NAAT, dont la RT-PCR, comme la méthode préférée pour confirmer une infection en raison de leur forte spécificité, tandis que l’ARN devient moins détectable après la première semaine des symptômes [s1].

Elle est utilisée chez les personnes présentant des symptômes compatibles et une exposition possible, notamment après séjour ou résidence dans une zone de transmission, et chez les personnes enceintes exposées ou présentant un risque d’infection; l’évaluation doit aussi prendre en compte la dengue, dont la répartition géographique et les manifestations peuvent être similaires [s2,s4].

Chez la personne enceinte symptomatique exposée, le CDC recommande une NAAT Zika sur sérum et une NAAT Zika sur urine, avec les examens complémentaires prévus par le contexte; chez la personne symptomatique non enceinte, une NAAT dengue et Zika sur sérum est recommandée dans la fenêtre aiguë [s2].

Les informations cliniques et épidémiologiques utiles au laboratoire comprennent la date de début de la maladie, l’historique de voyage, les lieux d’exposition, les antécédents d’immunisation contre les flavivirus et le statut de grossesse [s3].

Un résultat positif apporte une preuve virologique directe à interpréter avec la présentation clinique et le contexte épidémiologique; il ne remplace pas l’évaluation clinique et ne constitue pas, à lui seul, une formulation diagnostique pour une personne [s1,s2,s5].

Valeurs de référence

Résultat qualitatif [s6]	Interprétation analytique [s1,s2,s5]
ARN du virus Zika détecté / PCR positive [s2,s5,s6]	L’ARN du virus Zika est détecté dans l’échantillon par la méthode employée; un résultat NAAT positif fournit habituellement une preuve d’infection actuelle ou récente dans le cadre de l’essai utilisé [s1,s2].
ARN du virus Zika non détecté / PCR négative [s2,s5,s6]	L’ARN viral n’est pas détecté dans l’échantillon par la méthode utilisée; ce résultat peut correspondre à l’absence d’infection, mais peut aussi survenir si le test est réalisé trop tôt ou après la période de détection, et n’exclut donc pas seul une infection récente [s1,s2,s5].
Résultat non valide ou inconclusif [s1,s2]	Le résultat ne permet pas de conclure selon les contrôles ou la qualité de l’échantillon; la conduite dépend de la procédure validée du laboratoire et peut nécessiter un nouveau test sur un prélèvement approprié [s1,s2].

Résultat attendu pour cet examen qualitatif : « détecté » ou « non détecté », avec la possibilité d’un résultat « non valide/inconclusif »; aucun intervalle de référence numérique ni aucune unité universelle de concentration ne s’appliquent à cette recherche qualitative [s1,s2,s5,s6].

Le laboratoire fait foi pour la méthode validée, les matrices acceptées, les contrôles de validité et la règle de rendu; le code LOINC 85622-9 décrit une observation ordinale de présence dans sérum ou plasma, et non une concentration quantitative [s6].

Seuils de décision et gravité

Aucun seuil décisionnel, seuil critique ou intervalle de coupure universel n’a été fourni pour cette PCR qualitative; les critères de positivité, de validité et de confirmation dépendent de l’essai validé, de la matrice et du laboratoire [s1,s2,s6].

Interprétation

Résultat non détecté : absence d’ARN du virus Zika détectable dans l’échantillon par la méthode employée; ce résultat ne suffit pas à exclure une infection récente si le prélèvement est tardif, si la quantité d’ARN est faible ou si l’échantillon a été mal conservé ou manipulé [s1,s2,s5].

Dans l’étude de Bingham et al., aucun des 55 échantillons de sérum recueillis plus de 5 jours après le début des symptômes n’était positif par RT-PCR, ce qui illustre l’effet du type de matrice et du moment du prélèvement dans cette population étudiée [s7].

Résultat détecté : présence d’ARN du virus Zika détectable dans le prélèvement par la méthode utilisée, ce qui constitue une preuve moléculaire directe à interpréter avec le contexte clinique et épidémiologique [s1,s2,s5].

Dans l’étude de Bingham et al., l’ARN du virus Zika a été détecté par RT-PCR dans 65 des 70 échantillons d’urine, soit 93 %; la positivité était de 52/55 (95 %) pour l’urine recueillie dans les 5 jours suivant le début des symptômes et de 9/11 (82 %) lorsque le prélèvement urinaire était réalisé plus de 5 jours après ce début [s7].

Facteurs qui faussent le résultat

Le moment du prélèvement est déterminant: l’OMS indique que l’ARN viral est moins susceptible d’être détecté après la première semaine en raison d’une virémie de courte durée et de faible amplitude; elle rapporte aussi une détection habituelle dans le sérum pendant moins de 5 jours et une détection possible dans l’urine jusqu’à 14 jours après le début des symptômes [s1].

Le CDC recommande, chez la personne symptomatique non enceinte, une NAAT sur sérum recueilli au plus tard 7 jours après le début des symptômes; un résultat négatif n’exclut pas une infection récente en raison de la courte période et du faible niveau d’ARN dans le sérum [s2].

Chez la personne enceinte exposée ou symptomatique, la stratégie CDC associe selon le contexte NAAT sur sérum et urine; si une NAAT Zika est positive et que l’IgM Zika est négative, le CDC recommande de répéter la NAAT sur l’ARN nouvellement extrait du même échantillon pour rechercher un faux positif [s2].

L’urine et le sérum peuvent donner des performances différentes selon le moment: dans l’étude de Bingham et al., 56 % des 55 échantillons de sérum recueillis dans les 5 jours étaient positifs contre 95 % des échantillons urinaires recueillis le même jour; cette observation issue d’une population étudiée ne constitue pas un intervalle de référence universel [s7].

La dégradation de l’ARN en cas de stockage ou de manipulation inadéquats peut conduire à un résultat faussement négatif; l’OMS demande l’emploi de tests évalués, pour leurs indications et types d’échantillons approuvés, dans des conditions acceptables [s1].

La sérologie Zika peut être influencée par la réactivité croisée avec d’autres flavivirus; cette limite concerne surtout l’interprétation des anticorps et ne doit pas être transformée en seuil de la PCR [s1,s2,s5].

La collecte d’urine doit suivre les instructions du laboratoire; MedlinePlus décrit une collecte d’urine propre et indique qu’aucune préparation spéciale n’est nécessaire pour le test Zika [s5].

Aucune donnée spécifique lue ne permet de quantifier un effet du sexe, de l’âge, d’un médicament ou d’une unité de concentration sur la PCR Zika qualitative; donnée non disponible dans les sources retenues [s1,s2,s3,s4,s5,s6,s7].

Sources

World Health Organization (WHO). Laboratory testing for dengue virus and Zika virus infections (2022)
Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Clinical Testing and Diagnosis for Zika Virus Disease (2025)
European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). Laboratory tests for Zika virus diagnostic (2016)
Wolford RW et al.. Zika Virus (2023)
National Library of Medicine (NLM). Zika Virus Test (2025)
LOINC, Regenstrief Institute. 85622-9 — Zika virus RNA [Presence] in Serum or Plasma by NAA with probe detection (2026)
Bingham AM et al.. Comparison of Test Results for Zika Virus RNA in Urine, Serum, and Saliva Specimens from Travel-Associated Zika Virus Disease Cases — Florida, 2016 (2016)