Recherche de Bordetella pertussis

À quoi sert cet examen

La culture, la PCR et la sérologie sont les méthodes décrites par le CDC pour identifier Bordetella pertussis; la culture est considérée comme la méthode de référence, tandis que la PCR est plus rapide et sensible mais sa spécificité peut varier selon les tests [s1].

Une confirmation biologique est utile parce que la présentation clinique peut être modifiée par l’âge, une immunisation ou infection antérieure, une exposition aux antibiotiques ou une co-infection; la revue systématique en pays à revenu faible ou intermédiaire a retenu la PCR, la culture ou la sérologie appariée pour confirmer les cas [s4].

La revue scientifique de van der Zee et al. indique que la procédure optimale varie selon le stade de la maladie, l’âge et le statut vaccinal; elle décrit la détection biologique comme complément de l’évaluation clinique, sans que ce résultat seul constitue un diagnostic [s3].

Valeurs de référence

Résultat attendu pour une recherche qualitative : B. pertussis non détectée (résultat négatif); aucune valeur chiffrée ni unité de référence n’est fournie pour cet examen dans les sources consultées [s1].

Le laboratoire fait foi pour le libellé final du résultat, la méthode employée et les conditions de prélèvement, car les performances et les limites diffèrent entre culture, PCR et sérologie [s1].

Seuils de décision et gravité

Aucun seuil critique ou seuil décisionnel chiffré n’a été vérifié pour cette recherche qualitative dans les sources consultées [s1].

Interprétation

Un résultat de culture négatif obtenu après les deux premières semaines suivant le début de la toux peut être faussement négatif, car la sensibilité diminue lorsque les bactéries viables deviennent moins présentes [s1].

Après la quatrième semaine de toux, la quantité d’ADN bactérien dans le nasopharynx diminue rapidement et augmente le risque d’un résultat PCR faussement négatif [s1].

Dans une étude d’épisodes épidémiques, la PCR a donné les résultats les plus cohérents chez les patients dont les symptômes duraient de 1 à 6 semaines; cette observation d’étude ne remplace pas les fenêtres opérationnelles propres à la méthode utilisée par le laboratoire [s5].

Un résultat positif correspond, selon la méthode, à l’isolement de B. pertussis en culture ou à la détection de son acide nucléique par PCR; le CDC demande d’interpréter la PCR avec les symptômes et les données épidémiologiques [s1].

Les tests PCR comportant plusieurs séquences cibles peuvent permettre de distinguer différentes espèces de Bordetella, mais la forte sensibilité peut accroître le risque de faux positifs si les bonnes pratiques ne sont pas respectées [s1].

La revue de van der Zee et al. rapporte que des contaminations croisées et des différences de performance entre tests PCR peuvent affecter la spécificité; un résultat positif doit donc rester rattaché à la méthode et au contexte du prélèvement [s3].

Facteurs qui faussent le résultat

Le CDC recommande un écouvillon ou un aspirat nasopharyngé chez toute personne avec suspicion de coqueluche; un prélèvement correctement réalisé est nécessaire pour obtenir un résultat optimal [s1].

Pour la culture, le prélèvement nasopharyngé doit être ensemencé directement ou placé immédiatement dans un milieu de transport, avec ensemencement dans les 24 heures suivant le prélèvement [s1].

La culture peut être réalisée pendant les deux premières semaines de maladie après le début de la toux; la PCR peut être réalisée jusqu’à 3 à 4 semaines, tandis que la sérologie est utilisée de 2 à 8 semaines et peut encore être réalisée jusqu’à 12 semaines avec une fiabilité potentiellement moindre [s1].

L’âge et le statut vaccinal modifient la présentation clinique; chez les personnes vaccinées, la maladie peut être plus légère et la toux paroxystique ou le « whoop » peuvent manquer, ce qui peut compliquer l’interprétation pré-analytique du test [s2].

La revue de laboratoire rapporte que l’écouvillon en alginate de calcium était préféré pour la culture et que l’écouvillon en Dacron constituait une alternative acceptable, notamment lorsque culture et PCR étaient réalisées; elle recommande de réduire autant que possible le délai de transport [s6].

Pour l’interopérabilité, FHIR R4 décrit Observation comme une ressource pour des mesures ou assertions simples et DiagnosticReport comme le contexte d’un ensemble de résultats; cette structure ne fournit pas de preuve de seuil clinique ou d’intervalle de référence [s7].

FHIR R4 décrit Specimen comme l’échantillon destiné à l’analyse et prévoit notamment le type de matériau, le statut, le moment de réception et les détails de collecte; ces éléments servent à documenter le prélèvement et non à fixer une valeur clinique [s8].

Sources

1. Centers for Disease Control and Prevention. Laboratory Testing for Pertussis (2025)
2. Centers for Disease Control and Prevention. Clinical Features of Pertussis (2025)
3. Anneke van der Zee; Joop Schellekens; Frits R. Mooi. Laboratory Diagnosis of Pertussis (2015)
4. Rudzani Muloiwa; Benjamin M. Kagina; Mark E. Engel. The burden of laboratory-confirmed pertussis in low- and middle-income countries since the inception of the Expanded Programme on Immunisation (EPI) in 1974: a systematic review and meta-analysis (2020)
5. Qiushui He; Jussi Mertsola; Hanna Soini. Comparison of polymerase chain reaction with culture and enzyme immunoassay for diagnosis of pertussis (1993)
6. Lena Lind-Brandberg; Christina Welinder-Olsson; Teresa Lagergård. Evaluation of PCR for Diagnosis of Bordetella pertussis and Bordetella parapertussis Infections (1998)
7. HL7 International. Observation - FHIR v4.0.1 (2025)
8. HL7 International. Specimen - FHIR v4.0.1 (2025)