Recherche de Salmonella spp.
Examen biologique : Microbiologie bactérienne. La recherche de Salmonella spp. est une analyse microbiologique, le plus souvent réalisée par culture de selles, utilisée lorsqu’une salmonellose est suspectée, notamment en présence de diarrhée avec fièvre, selles sanglantes ou glaireuses, douleurs abdominales importantes ou signes de sepsis. Le prélèvement optimal est une selle diarrhéique; un écouvillon rectal peut être utilisé si une selle ne peut pas être recueillie rapidement. Pour un échange interopérable, HL7 FHIR R5 décrit Observation pour les mesures ou assertions simples et DiagnosticReport pour le contexte d’un rapport de laboratoire qui référence les Observations.
À quoi sert cet examen
La recherche de Salmonella spp. contribue à identifier l’agent dans une gastro-entérite aiguë; la culture est recommandée pour confirmer une salmonellose suspectée [s1].
- Le test est à envisager chez une personne ayant une diarrhée accompagnée de fièvre, de selles sanglantes ou glaireuses, de crampes ou d’une sensibilité abdominale importante, ou de signes de sepsis [s4].
- Les sérotypes de Salmonella causent le plus souvent une gastro-entérite, mais l’atteinte peut être sévère chez les jeunes enfants, les personnes âgées et les personnes immunodéprimées [s3].
- La culture fournit un isolat qui peut être caractérisé davantage pour les soins, l’évaluation de la sensibilité aux antimicrobiens et les investigations de santé publique [s1,s2].
- Lorsqu’un test moléculaire indépendant de la culture détecte Salmonella spp., une culture de suivi peut être nécessaire pour obtenir un isolat destiné à l’étude de la sensibilité aux antimicrobiens [s1,s4].
Valeurs de référence
| Résultat attendu [s1,s2] | Interprétation analytique [s1,s2] |
|---|---|
| Non détecté [s1,s2] | Aucune Salmonella spp. isolée ou détectée par la méthode utilisée [s1,s2] |
| Détecté [s1,s2] | Salmonella spp. isolée ou détectée; l’isolat peut permettre une caractérisation complémentaire [s1,s2] |
Le laboratoire fait foi pour le résultat rapporté, car la méthode et les caractéristiques du prélèvement influencent la détection [s1,s4].
Seuils de décision et gravité
Aucun seuil numérique ou intervalle de référence n’est applicable à cette recherche qualitative dans les sources consultées [s1,s2].
Interprétation
Un résultat non détecté signifie que Salmonella spp. n’a pas été isolée ou détectée par la méthode utilisée; il doit être interprété avec les limites de la méthode et du prélèvement [s1,s4,s6].
Un résultat détecté signifie que Salmonella spp. a été isolée ou détectée dans le prélèvement; l’interprétation clinique dépend du contexte et, pour une méthode moléculaire, la détection d’ADN ne démontre pas nécessairement la présence d’un organisme viable [s1,s4,s6].
Facteurs qui faussent le résultat
- Une selle diarrhéique est le prélèvement optimal; l’écouvillon rectal fournit généralement moins de matière fécale et peut être moins performant, mais il peut être utilisé si une selle ne peut pas être obtenue rapidement [s4].
- Les méthodes de culture traditionnelles peuvent utiliser un enrichissement et des milieux sélectifs; dans l’étude consultée, l’enrichissement augmentait le rendement de détection de Salmonella spp. par rapport à l’ensemencement primaire sans enrichissement [s5].
- Les tests moléculaires multiplex peuvent être plus rapides et plus sensibles que la culture dans certaines études, mais ils ne distinguent pas nécessairement les organismes vivants des organismes morts et ne fournissent pas, à eux seuls, un résultat de sensibilité aux antimicrobiens [s6].
- La culture reste utile lorsqu’un isolat est nécessaire pour l’identification et la sensibilité aux antimicrobiens; une détection moléculaire positive peut donc nécessiter une culture de suivi selon le contexte [s1,s4].
Sources
- Centers for Disease Control and Prevention (CDC). Clinical Overview of Salmonellosis (2024)
- Association of Public Health Laboratories (U.S.) et Centers for Disease Control and Prevention (U.S.). Isolation and Identification of Salmonella Species in Public Health Laboratories (2024)
- World Health Organization (WHO). Salmonella (non-typhoidal) (2018)
- Andi L. Shane, Rajal K. Mody, John A. Crump et al.. 2017 Infectious Diseases Society of America Clinical Practice Guidelines for the Diagnosis and Management of Infectious Diarrhea (2017)
- Susan Maddocks, Tom Olma, Wen Chen et al.. Comparison of CHROMagar Salmonella Medium and Xylose-Lysine-Desoxycholate and Salmonella-Shigella Agars for Isolation of Salmonella Strains from Stool Samples (2002)
- Jasmin Koeffer, Melissa Kolb, Océane Sorel et al.. Clinical performance evaluation of TAQPATH Enteric Bacterial Select Panel for the detection of common enteric bacterial pathogens in comparison to routine stool culture and other qPCR-based diagnostic tests (2024)