Recherche de Pseudomonas aeruginosa
Examen biologique : Microbiologie bactérienne. La détection de P. aeruginosa dans des échantillons cliniques peut reposer sur une culture suivie d’une identification complémentaire ou sur une méthode moléculaire. Les approches moléculaires décrites incluent différentes cibles PCR, tandis que la procédure UK SMI décrit l’identification par morphologie coloniale, coloration de Gram, oxydase, MALDI-TOF MS ou méthode moléculaire.
À quoi sert cet examen
La revue consacrée au diagnostic moléculaire décrit le besoin de tests sensibles et spécifiques pour la détection de P. aeruginosa dans le laboratoire clinique, notamment pour un triage rapide et une prise en charge ciblée précoce [s3].
Le CDC indique que, lorsqu’une infection à P. aeruginosa est évaluée, les professionnels de santé envoient un échantillon au laboratoire pour tester la sensibilité aux antimicrobiens [s1].
La norme UK SMI décrit une identification à partir de colonies par morphologie coloniale, coloration de Gram et activité oxydase, suivie selon le cas d’une identification par MALDI-TOF MS ou par méthode moléculaire; des tests phénotypiques peuvent confirmer l’identification lorsque ces méthodes ne sont pas disponibles [s6].
Les méthodes moléculaires peuvent détecter le microorganisme directement dans des prélèvements cliniques et réduire la dépendance à la culture; la revue décrit notamment la PCR et ses cibles ecfX, oprL et gyrB [s3].
Dans une surveillance publiée, les cultures cliniques provenaient notamment de prélèvements respiratoires et d’urines, ainsi que de sites normalement stériles et d’autres sites non stériles [s4].
Seuils de décision et gravité
| Approche documentée [s5,s6] | Résultat rapporté [s5,s6] | Portée [s5,s6] |
|---|---|---|
| Culture avec identification présomptive par morphologie coloniale, coloration de Gram et oxydase, puis identification complémentaire [s6] | P. aeruginosa identifié par la méthode complémentaire utilisée [s6] | La procédure UK SMI ne couvre pas l’identification directe à partir de l’échantillon [s6] |
| PCR ciblant oprL dans des isolats de plaies de brûlures [s5] | Une bande à la taille attendue pour oprL était considérée positive pour P. aeruginosa [s5] | Dans cette étude, oprI identifiait le genre Pseudomonas, tandis qu’oprL servait à l’identification de l’espèce [s5] |
Facteurs qui faussent le résultat
La morphologie des colonies varie entre les espèces de Pseudomonas et certaines espèces ont une morphologie non distinctive. Dans une étude de plaies de brûlures, 138 isolats avaient été identifiés phénotypiquement comme P. aeruginosa, mais 128 seulement ont été confirmés comme P. aeruginosa par PCR; les 10 autres ont été identifiés comme des pseudomonades fluorescentes [s5,s6].
Pour la PCR, la revue rapporte que les cibles utilisées ne donnent pas toutes les mêmes performances: des résultats faussement positifs ont été rapportés avec 16S rRNA et oprI, et des résultats faussement négatifs avec algD et toxA. Elle indique aussi qu’aucun protocole multiplex standard de détection de P. aeruginosa n’était disponible dans cette revue [s3].
Dans une étude de validation portant sur 50 isolats cliniques pré-identifiés dans trois établissements de santé en Jordanie, 30 isolats (60 %) ont été confirmés comme P. aeruginosa par amplification PCR du gène 16S rRNA [s2].
Sources
- Centers for Disease Control and Prevention. About Pseudomonas aeruginosa (2025)
- Hala I. Al-Daghistani, Lubna F. Abu-Niaaj, Sima Zein. Accurate Diagnosis of Pseudomonas aeruginosa Is Critical to Mitigating Development of Antibiotic Resistance (2025)
- Jian-Woon Chen, Yin Yin Lau, Thiba Krishnan, Kok-Gan Chan, Chien-Yi Chang. Recent Advances in Molecular Diagnosis of Pseudomonas aeruginosa Infection by State-of-the-Art Genotyping Techniques (2018)
- Megan S. Walters et al.. Carbapenem-Resistant Pseudomonas aeruginosa at US Emerging Infections Program Sites, 2015 (2019)
- G. Jami Al-Ahmadi, R. Zahmatkesh Roodsari. Fast and Specific Detection of Pseudomonas Aeruginosa from Other Pseudomonas Species by PCR (2016)
- UK Health Security Agency, Standards Unit. Identification of Pseudomonas species and other non-glucose fermenters (2025)