Recherche de Shigella spp.
Examen biologique : Microbiologie bactérienne. La recherche de Shigella spp. est un examen qualitatif des selles réalisé lorsqu’une shigellose est suspectée ou devant des symptômes compatibles. La mise en évidence et la caractérisation d’un isolat peuvent contribuer à la confirmation microbiologique et à la surveillance des épisodes groupés. La dysenterie observée cliniquement ne suffit pas à elle seule à identifier une infection à Shigella dans une étude menée chez des enfants en Zambie.
À quoi sert cet examen
Le test recherche Shigella spp. dans les selles chez les personnes présentant des symptômes compatibles avec une shigellose. [s1]
La culture fécale et la caractérisation des entéropathogènes servent notamment à documenter l’agent bactérien dans les diarrhées sévères ou prolongées, les tableaux compatibles avec une infection invasive et les investigations d’épisodes groupés. [s3]
La seule présence clinique d’une dysenterie ne permet pas de repérer toutes les infections à Shigella : l’étude zambienne consultée rapporte une faible sensibilité de ce signe clinique par rapport à la détection moléculaire dans les selles. [s2]
Pour l’interopérabilité, HL7 FHIR R5 décrit Observation comme une ressource destinée aux mesures et assertions simples, notamment les données de laboratoire, tandis que DiagnosticReport fournit le contexte d’un ensemble d’observations. [s6]
Valeurs de référence
Résultat attendu, qualitatif : Shigella spp. non détectée ou culture négative lorsque la bactérie n’est pas mise en évidence ; Shigella spp. détectée ou culture positive lorsqu’elle est mise en évidence par la méthode utilisée. [s1,s5]
Aucun intervalle numérique, seuil biologique, unité ou valeur de référence chiffrée n’est applicable à cet examen qualitatif dans les sources consultées. [s1,s3,s5]
Seuils de décision et gravité
Si un test indépendant de la culture est positif pour une shigellose, le CDC recommande de confirmer le résultat par une culture de selles ; un antibiogramme est recommandé lorsque la mise en route d’un antibiotique est envisagée, sans que cette fiche ne fournisse de traitement. [s1]
Interprétation
Un résultat négatif signifie que Shigella spp. n’a pas été mise en évidence par la méthode et le prélèvement analysés. La culture peut avoir un rendement inférieur à celui de méthodes moléculaires, de sorte qu’un résultat négatif ne remplace pas l’interprétation clinique et méthodologique du compte-rendu. [s2,s4]
Un résultat détecté ou une culture positive indique que Shigella spp. a été mise en évidence dans l’échantillon par la méthode utilisée ; le résultat doit rester présenté comme un résultat microbiologique et non comme un diagnostic autonome. [s1,s5]
Facteurs qui faussent le résultat
Le prélèvement attendu est une selle ; la qualité de la collecte, du transport et du traitement au laboratoire fait partie des éléments à considérer pour les cultures fécales. [s1,s3]
La culture conventionnelle de Shigella utilise des milieux sélectifs tels que XLD, HEA ou Salmonella-Shigella agar, puis une sélection des colonies suspectes avec identification biochimique et confirmation sérologique selon le protocole du laboratoire. [s5]
La culture est une méthode spécifique mais peut être laborieuse et plus lente que certaines méthodes moléculaires ; les performances dépendent de la méthode et de l’essai utilisés. [s4]
Les contraintes d’infrastructure, de consommables, de compétences de culture et de transport des échantillons sont décrites comme des limites de la confirmation de Shigella dans les contextes à ressources limitées. [s2]
Sources
- Centers for Disease Control and Prevention. Clinical Overview of Shigellosis (2024)
- Sam Miti et al.. Sensitivity and predictive value of dysentery in diagnosing shigellosis among under five children in Zambia (2023)
- Romney M. Humphries et Andrea J. Linscott. Practical Guidance for Clinical Microbiology Laboratories: Diagnosis of Bacterial Gastroenteritis (2015)
- Jasmin Koeffer et al.. Clinical performance evaluation of TAQPATH Enteric Bacterial Select Panel for the detection of common enteric bacterial pathogens in comparison to routine stool culture and other qPCR-based diagnostic tests (2024)
- Subhra Chakraborty et al.. Development of a simple, rapid, and sensitive diagnostic assay for enterotoxigenic E. coli and Shigella spp applicable to endemic countries (2022)
- HL7 International. Observation - FHIR R5 (v5.0.0) (2025)