Recherche de Vibrio cholerae

Examen biologique : Microbiologie bactérienne. La recherche de Vibrio cholerae met en évidence ou isole la bactérie dans un échantillon de selles; la confirmation habituelle associe l'isolement et la sérotypie O1/O139, tandis que la PCR constitue une autre méthode de laboratoire. La confirmation d'un épisode de choléra repose sur une méthode de laboratoire telle que la culture, la séro-agglutination ou la PCR; ce résultat biologique ne constitue pas à lui seul un diagnostic clinique. Dans une représentation interopérable HL7 FHIR R4, le résultat de laboratoire relève de la ressource Observation, qui porte une mesure ou une assertion simple; cette mention décrit la structure des données et non une valeur clinique.

À quoi sert cet examen

L'examen est demandé lorsqu'une infection à Vibrio cholerae est suspectée, avec culture de selles sur gélose thiosulfate-citrate-sels biliaires-saccharose (TCBS), milieu sélectif privilégié par le CDC pour l'isolement et l'identification. [s1]

Il contribue à la confirmation biologique et à la surveillance des épisodes de choléra; l'OMS indique que les tests rapides peuvent aider à détecter précocement un épisode, mais que la confirmation nécessite une culture, une séro-agglutination ou une PCR. [s4]

Le programme de méthodes de laboratoire du CDC rassemble des procédures de prélèvement, de transport, d'isolement et d'identification de V. cholerae, notamment pour les sérogroupes O1 et O139. [s2]

Valeurs de référence

Résultat attendu : non détecté dans un échantillon ne contenant pas de V. cholerae. Pour un résultat détecté ou isolé, le compte rendu doit préciser la méthode utilisée et, lorsque réalisé, le sérogroupe; il n'existe pas d'intervalle de référence numérique pour cette recherche qualitative. [s1,s4]

Interprétation

Résultat non détecté : V. cholerae n'a pas été mis en évidence par la méthode appliquée. Ce résultat ne démontre pas dans toutes les situations l'absence de la bactérie, car la qualité du prélèvement, le délai de traitement et le transport influencent la récupération en culture. [s3]

Résultat détecté ou isolé : V. cholerae a été mis en évidence par la méthode utilisée. L'isolement peut être suivi d'une sérotypie O1/O139; la présence d'un sérogroupe, d'un gène de toxine ou d'un autre marqueur doit être rapportée séparément lorsqu'il a été recherché. [s1]

Les études de détection moléculaire montrent qu'un signal moléculaire peut être observé sans isolement en culture dans certaines conditions de conservation des selles; les résultats doivent donc rester associés à la méthode et au type de cible recherchée. [s7]

Facteurs qui faussent le résultat

Prélever les selles au début de la maladie entérique et avant une antibiothérapie si possible; utiliser un récipient propre, sans résidu de désinfectant ou de détergent, étanche et muni d'un couvercle. [s3]

Ne pas prélever les selles dans un bassin de lit, car des résidus de désinfectant peuvent être présents. Les selles non conservées doivent être traitées au plus tard dans les 2 heures; le dessèchement ou l'acidification réduit fortement le nombre d'organismes viables. [s3]

Le milieu Cary-Blair est le milieu de choix pour préserver et transporter V. cholerae. L'eau peptonée alcaline peut être utilisée pour un transport court si Cary-Blair n'est pas disponible, mais elle ne doit pas être utilisée lorsque la sous-culture sera retardée de plus de 6 heures; le sérum physiologique glycériné tamponné n'est pas adapté. [s3]

Un test rapide positif ne fournit pas nécessairement un isolat permettant l'étude de la sensibilité aux antimicrobiens ou le sous-typage; le CDC indique que les tests rapides ne doivent pas remplacer la recherche de routine. [s1]

Dans une étude de comparaison sur des selles diarrhéiques, les performances des tests rapides variaient selon le kit et la méthode de référence; la PCR y était plus performante que les tests rapides fondés sur des anticorps, ce qui limite l'extrapolation d'un résultat obtenu par un seul dispositif. [s5]

Une méthode LAMP étudiée pour les souches productrices de toxine cholérique était plus rapide que des méthodes conventionnelles dans cette étude, mais elle ciblait les souches productrices de toxine et ne doit pas être confondue avec une recherche générale de toutes les souches de V. cholerae. [s6]

Sources

Centers for Disease Control and Prevention. Cholera Clinical Detection (2024)
Centers for Disease Control and Prevention. Laboratory Testing for Cholera (2024)
Centers for Disease Control and Prevention. Collection and Transport of Patient Specimens (2025)
World Health Organization. Cholera (2026)
Goutam Chowdhury et al.. Laboratory evaluation of the rapid diagnostic tests for the detection of Vibrio cholerae O1 using diarrheal samples (2021)
Wataru Yamazaki et al.. Sensitive and rapid detection of cholera toxin-producing Vibrio cholerae using a loop-mediated isothermal amplification (2008)
Jie Liu et al.. Pre-earthquake non-epidemic Vibrio cholerae in Haiti (2014)