Infections urinaires

Les infections urinaires sont dues à des bactéries, surtout Escherichia coli, qui remontent dans les voies urinaires. Elles sont beaucoup plus fréquentes chez la femme et vont de la cystite simple (brûlures en urinant, envies fréquentes) à la pyélonéphrite, avec fièvre et douleur du flanc. Le diagnostic repose sur les symptômes, la bandelette urinaire et, dans de nombreux cas, la culture des urines. Le traitement est antibiotique, choisi selon la gravité et les résistances locales, qui sont préoccupantes en Afrique centrale.

Autres noms : Infections des voies urinaires, Infections du tractus urinaire, Cystite et pyélonéphrite, Infection urinaire (« UTI » en anglais). En anglais : Urinary tract infections, UTI. CIM-10 : N39.0. Système : Maladies des reins et de l'appareil génito-urinaire, Maladies infectieuses et parasitaires.

Définition

Une infection urinaire est la présence de bactéries dans les voies urinaires avec des symptômes. On distingue la cystite (infection limitée à la vessie, sans signe d'infection générale chez l'homme comme chez la femme) et la pyélonéphrite (infection du rein, évoquée devant une fièvre supérieure à 38 °C, des frissons, une douleur du flanc, des nausées ou des vomissements) ^[1].

On parle d'infection non compliquée chez une femme en bonne santé qui n'est pas enceinte ; toutes les autres situations sont classées comme infections compliquées ^[1]. Les recommandations internationales sur la cystite et la pyélonéphrite non compliquées concernent les femmes non enceintes, avant la ménopause, sans anomalie connue de l'appareil urinaire ni maladie associée ^[3].

La bactériurie asymptomatique (bactéries dans les urines sans aucun symptôme) n'est pas une infection : c'est une simple colonisation, qu'il ne faut en général ni rechercher ni traiter ^[1].

Causes et mécanisme

Les infections urinaires sont causées par plusieurs bactéries, le plus souvent Escherichia coli, puis Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis, Enterococcus faecalis et Staphylococcus saprophyticus ^[4]. La grande majorité des cystites sont dues à E. coli ^[1].

Chez les personnes sondées, les bactéries en cause sont les mêmes (E. coli, Klebsiella) avec en plus un risque de souches très résistantes : dans deux hôpitaux de Sierra Leone, 56 % des germes isolés produisaient une bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) ^[9].

Parmi les facteurs favorisants de la cystite chez la femme : rapports sexuels, spermicides, nouveau partenaire sexuel, mère ayant eu des cystites, cystites dans l'enfance ^[1]. Il faut aussi tenir compte des facteurs de risque qui exposent à une forme sévère ou à un échec du traitement ^[1].

Transmission et facteurs de risque

Les infections urinaires sont causées par des bactéries qui colonisent les voies urinaires et interagissent avec les défenses de l'organisme ; l'étude de ces mécanismes guide les nouveaux traitements ^[4]. Les sources lues pour cette fiche ne décrivent pas de mode de transmission d'une personne à l'autre.

Les infections liées à une sonde urinaire sont acquises à l'hôpital : elles sont fréquentes dans le monde, mais leur poids réel est mal connu dans les pays à faibles ressources, faute de surveillance ^[9].

Épidémiologie

Monde (2019). D'après l'étude Global Burden of Disease, on estimait 404,61 millions de cas, 236 790 décès et 520 200 années de vie en bonne santé perdues (DALY) dues aux infections urinaires. Le nombre de décès a été multiplié par 2,4 entre 1990 et 2019. L'incidence est 3,6 fois plus élevée chez la femme que chez l'homme ^[5].

Près d'une femme sur deux aura au moins une cystite au cours de sa vie, et près d'une sur trois en aura eu une avant l'âge de 24 ans ^[1].

République démocratique du Congo (pays voisin). Aux cliniques universitaires de Kinshasa (2011-2014), sur 8 926 analyses d'urines demandées, 54,8 % correspondaient à une infection urinaire, principalement à E. coli et Klebsiella. Le sexe féminin (3 femmes pour 1 homme parmi les patients) et l'admission pendant la saison des pluies étaient associés à l'infection ^[6].

Gabon (pays voisin). À l'hôpital d'instruction des armées Omar Bongo Ondimba (Libreville), 43,75 % des femmes testées (91 sur 208) avaient une infection urinaire ; les Klebsiella représentaient 29,03 % des bactéries identifiées ^[7].

Afrique subsaharienne. Une revue de 19 études sur les infections de sites normalement stériles (sang, urines, méninges) a montré une résistance fréquente aux antibiotiques usuels, avec des BLSE détectées dans 7 études ^[8]. Pour la République du Congo elle-même, aucune étude publiée n'a été retrouvée pour cette fiche.

Signes cliniques

Cystite (infection de la vessie). Les symptômes typiques sont ^[1] :

brûlure ou douleur en urinant (dysurie) ^[1] ;
envies pressantes d'uriner (urgence) et besoin d'uriner très souvent (pollakiurie) ^[1] ;
fuites d'urine (incontinence) ^[1] ;
pesanteur ou crampes dans le bas-ventre ^[1].

Chez la femme sans autre facteur de risque, la cystite peut être diagnostiquée avec une forte probabilité à partir de ces symptômes et de l'absence de pertes vaginales ; chez la femme âgée, des symptômes urinaires ne sont pas forcément dus à une cystite ^[1].

Pyélonéphrite (infection du rein). Elle est évoquée devant une fièvre supérieure à 38 °C, des frissons, une douleur du flanc, des nausées ou des vomissements, avec ou sans symptômes de cystite ^[1].

Signes de gravité

Une infection urinaire peut devenir une infection générale (infection systémique) : fièvre ou baisse de la température, frissons, confusion (délire), baisse de la tension artérielle, accélération du cœur, douleur ou sensibilité du flanc ^[1].

Une fièvre avec frissons et douleur du flanc, des vomissements, une confusion ou un malaise doivent faire consulter sans attendre : la pyélonéphrite et les infections urinaires générales demandent un examen des urines avec culture et souvent un traitement en urgence ^[1].

Toute situation autre que celle d'une femme en bonne santé et non enceinte est classée comme infection compliquée ^[1]. Un diabète mal équilibré est un facteur de risque d'infection symptomatique et de complications ^[1]. Chez la femme enceinte, les femmes dont la bactériurie n'a pas été traitée ont fait plus de pyélonéphrites que celles sans bactériurie (2,4 % contre 0,6 %), selon une étude plus récente citée par le guide européen ^[1].

Dans l'étude de Sierra Leone, 14,8 % des patients sondés ont développé une infection urinaire liée à la sonde, avec une majorité de germes producteurs de BLSE ^[9].

Diagnostic

Diagnostic clinique

Le diagnostic de cystite chez la femme repose sur les symptômes urinaires (brûlures, envies fréquentes et pressantes) et sur l'absence de pertes ou d'irritation vaginales ^[1]. Un écoulement vaginal oriente plutôt vers une autre cause (voir infections vaginales) ^[1].

Devant une fièvre avec douleur du flanc, il faut penser à la pyélonéphrite ; la présence de fièvre, de frissons, de confusion ou de tension basse évoque une infection urinaire générale ^[1].

Les recommandations IDSA/ESCMID de 2010 portent sur la femme avant la ménopause, non enceinte et sans anomalie urologique ; elles ne couvrent ni l'homme, ni l'enfant, ni la grossesse ^[3].

Examens biologiques

Bandelette urinaire. Elle est recommandée pour le diagnostic de la cystite aiguë ; pour la pyélonéphrite, on réalise une analyse des urines (bandelette, globules blancs, globules rouges, nitrites) ^[1].

Culture des urines (ECBU) avec antibiogramme. Elle est recommandée en cas de pyélonéphrite ou de suspicion d'infection générale, de symptômes qui ne disparaissent pas ou reviennent dans les 4 semaines après le traitement, de symptômes atypiques chez la femme, de risque de bactérie résistante, et chez la femme enceinte ^[1]. Elle est aussi le seul moyen de diagnostiquer une cystite récidivante ^[1].

Cystite récidivante : au moins 3 épisodes par an ou 2 épisodes en 6 mois ^[1] ;
Bactériurie asymptomatique : croissance d'au moins 100 000 bactéries par mL dans des urines du milieu de jet, confirmée sur deux prélèvements chez la femme (un seul chez l'homme), sans symptôme ^[1] ;
Résistances : l'antibiogramme est précieux, car la résistance aux antibiotiques courants est élevée en Afrique centrale ^[7,8].

La cystoscopie ou l'imagerie des voies urinaires hautes ne sont pas obligatoires en l'absence d'antécédents particuliers ^[1].

Dans de nombreux laboratoires, l'analyse cytobiochimique des urines reste l'examen le plus demandé avec la numération sanguine, et elle a une bonne valeur prédictive si elle est correctement réalisée et interprétée ^[6].

Diagnostic différentiel

Les symptômes urinaires ne sont pas toujours dus à une infection urinaire bactérienne ; le guide européen traite à part l'urétrite, la tuberculose génito-urinaire et l'infection urinaire à champignons ^[1].

Maladie à évoquer	Éléments à connaître
Bactériurie asymptomatique	Bactéries dans les urines sans symptôme : colonisation, à ne pas traiter sauf situations précises (grossesse, avant une intervention urologique qui blesse la muqueuse) ^[1].
Infections vaginales	Un écoulement ou une irritation vaginale va contre le diagnostic de cystite simple ^[1]. Voir infections vaginales ^[1].
Urétrite (infections sexuellement transmissibles)	Autre cause possible de symptômes urinaires, traitée dans un chapitre à part du guide européen. Voir gonococcie et chlamydiose génitale ^[1].
Schistosomiase urogénitale	Parasitose des voies urinaires et génitales en Afrique ; le manque de connaissance des soignants conduit à des erreurs de diagnostic et à un usage excessif d'antibiotiques ^[11].
Tuberculose génito-urinaire	Forme rare de tuberculose qui touche les voies urinaires, distinguée des infections bactériennes ordinaires dans le guide européen ^[1].
Infection urinaire à champignons	Infection fongique des voies urinaires, également traitée à part ^[1].
Prostatite chez l'homme	Chez l'homme, une atteinte de la prostate doit être exclue avant d'utiliser la nitrofurantoïne ; une bactériurie chez un homme jeune fait chercher une prostatite bactérienne chronique ^[1].

Évolution, complications et pronostic

Les infections non compliquées guérissent le plus souvent avec un traitement antibiotique ; chez les femmes traitées par antibiotique, le succès clinique de la cystite est significativement plus fréquent que sous placebo ^[1].

Les infections urinaires ont tendance à récidiver : les taux de récidive sont élevés, et la résistance croissante des bactéries aux antibiotiques risque d'alourdir leur charge économique ^[4].

Résistance aux antibiotiques en Afrique centrale. À Libreville, chez des femmes avec infection urinaire, les Klebsiella étaient résistantes aux céphalosporines de 3e génération dans 55,56 % des cas, à la fosfomycine dans 40,74 %, aux fluoroquinolones de 3e génération dans 25,92 % et aux carbapénèmes dans 7,41 % ^[7]. En Afrique subsaharienne, la résistance aux céphalosporines de 3e génération variait de 0 à 75 % selon les études ^[8].

Le guide européen rappelle que l'abus d'antibiotiques favorise la résistance des bactéries urinaires, et que traiter une bactériurie asymptomatique est inutile et même nuisible chez les personnes ayant des infections urinaires récidivantes ^[1].

Traitement

Les infections urinaires symptomatiques se traitent par antibiotiques, choisis selon le type d'infection (cystite ou pyélonéphrite), le terrain (grossesse, homme, sonde) et les résistances locales ^[1,3]. Les posologies et durées figurent dans les fiches des médicaments et dans les protocoles nationaux.

Cystite non compliquée, premier choix européen : la fosfomycine (trométamol), le pivmécillinam, la nitrofurantoïne ou la nitroxoline ^[1]. Le cotrimoxazole ou le triméthoprime ne sont à envisager en premier choix que si la résistance d'E. coli est inférieure à 20 % ^[1].
Cystite, aide-mémoire OMS (soins de santé primaires) : nitrofurantoïne, cotrimoxazole, triméthoprime ou amoxicilline-acide clavulanique, tous classés « Access » ^[2].
Pyélonéphrite légère : la ciprofloxacine (classée « Watch ») dans l'aide-mémoire OMS ^[2] ; le guide européen cite les fluoroquinolones ou des céphalosporines orales comme le céfpodoxime ^[1].
Pyélonéphrite sévère, à l'hôpital : la ceftriaxone associée à la gentamicine ou à l'amikacine ^[2]. En cas de bactérie très résistante, les carbapénèmes comme le méropénem sont réservés aux situations de dernier recours ^[1].

Les aminopénicillines seules ne conviennent plus pour un traitement d'emblée à cause de la résistance mondiale d'E. coli. Les fluoroquinolones ne doivent être utilisées pour une cystite que si les autres antibiotiques habituels sont inadaptés, en raison d'effets indésirables invalidants ^[1].

Nitrofurantoïne : elle est contre-indiquée en cas d'insuffisance rénale sévère (débit de filtration inférieur à 30 mL/min) et à éviter en cas de déficit en G6PD ou en fin de grossesse ^[1]. Chez l'homme, elle ne doit être utilisée que si une atteinte de la prostate est exclue ^[1].

Grossesse. Pour la cystite de la femme enceinte, on peut envisager pénicillines, céphalosporines, fosfomycine, nitrofurantoïne (sauf déficit en G6PD et fin de grossesse), triméthoprime (pas au premier trimestre) et sulfamides (pas au dernier trimestre) ^[1]. La bactériurie asymptomatique de la femme enceinte est dépistée et traitée ^[1].

Traitements sans antibiotique. Chez les femmes non âgées, un traitement sans antibiotique (anti-inflammatoires comme l'ibuprofène, plantes) peut être proposé après discussion, car il a réduit de 63 % l'usage d'antibiotiques, mais il guérit moins souvent que l'antibiotique et expose davantage à la pyélonéphrite ^[1].

Dans la pyélonéphrite, la culture des urines avec antibiogramme est recommandée ; en cas de bactériurie asymptomatique à traiter, le traitement doit être adapté à l'antibiogramme et non empirique ^[1].

Médicaments de la base Africa Medical Data : fosfomycine, nitrofurantoïne, cotrimoxazole, amoxicilline-acide clavulanique, ciprofloxacine, céfpodoxime, ceftriaxone, gentamicine, méropénem, ibuprofène ^[1,2].

Médicaments de la base cités dans cette fiche

Prévention

Mesures de base. Boire davantage peut réduire le risque de cystites récidivantes chez la femme avant la ménopause ^[1].

Après la ménopause : les œstrogènes vaginaux préviennent les cystites récidivantes ^[1].
Autres mesures : certains probiotiques et plantes, la canneberge (jus de préférence, preuves faibles et contradictoires), le D-mannose (preuves faibles et contradictoires) et la méthénamine (chez les femmes sans anomalie urinaire) sont proposés par le guide européen ^[1].
Prophylaxie antibiotique : elle est parfois utilisée contre les récidives, avec des antibiotiques comme la nitrofurantoïne ou la fosfomycine ^[1] ; elle se décide avec un médecin.

Sonde urinaire. Dans les hôpitaux à ressources limitées, des « paquets de soins » (indications, pose, entretien et retrait de la sonde) et des services de microbiologie renforcés sont nécessaires pour réduire les infections urinaires liées aux sondes ^[9].

Bon usage des antibiotiques. Un usage raisonné des antibiotiques, par exemple ne pas traiter une bactériurie sans symptôme, limite la sélection de bactéries résistantes ^[1,2].

Grossesse. La bactériurie asymptomatique touche 2 à 10 % des femmes enceintes ; le guide européen recommande de la dépister et de la traiter ^[1]. En Amérique latine, elle était estimée à 18,45 % des femmes enceintes, et les auteurs plaident pour un dépistage par culture des urines dès les premières consultations prénatales ^[10]. Aucune donnée africaine n'a été retrouvée pour cette fiche.

Quand consulter en urgence

Consultez en cas de brûlures en urinant, envies fréquentes et pressantes : un examen des urines confirme l'infection et évite un traitement inutile ^[1].

Consultez sans attendre en cas de fièvre, de frissons, de douleur du flanc, de vomissements, de confusion ou de malaise ^[1]. Consultez aussi si vous êtes enceinte (culture des urines recommandée), diabétique, sondé ou si vous êtes un homme : ces situations sont classées comme compliquées ^[1]. Pour l'enfant, des recommandations pédiatriques distinctes existent ^[1].

Si les symptômes ne disparaissent pas, ou reviennent dans les 4 semaines après le traitement, une culture des urines est recommandée ^[1].

Maladies associées

Sources et mise à jour

Référence professionnelle · European Association of Urology (Bonkat G, et al.). EAU Guidelines on Urological Infections. Uroweb ; synthèse : Kranz J, et al. Eur Urol. 2024;86(1):27-41. 2024. Chapitre « The Guideline » consulté en ligne.
OMS · Zanichelli V, Sharland M, Cappello B, et al. The WHO AWaRe (Access, Watch, Reserve) antibiotic book and prevention of antimicrobial resistance. Bull World Health Organ. 2023;101(4):290-296. 2023. Encadrés sur les premiers choix d'antibiotiques de l'aide-mémoire OMS.
Référence professionnelle · Gupta K, Hooton TM, Naber KG, et al. International clinical practice guidelines for the treatment of acute uncomplicated cystitis and pyelonephritis in women: a 2010 update by the Infectious Diseases Society of America and the European Society for Microbiology and Infectious Diseases. Clin Infect Dis. 2011;52(5):e103-20. 2011. Résumé.
Revue à comité de lecture · Flores-Mireles AL, Walker JN, Caparon M, Hultgren SJ. Urinary tract infections: epidemiology, mechanisms of infection and treatment options. Nat Rev Microbiol. 2015;13(5):269-84. 2015. Résumé.
Revue à comité de lecture · Yang X, Chen H, Zheng Y, Qu S, Wang H, Yi F. Disease burden and long-term trends of urinary tract infections: a worldwide report. Front Public Health. 2022;10:888205. 2022. Résumé (Global Burden of Disease 2019).
Revue à comité de lecture · Ngwidiwo JB, Nkanga MSN, Munzengi VS, et al. Time series: pathologic determinants of cytobiochemical urinalysis and urinary infections at the University Clinics in Kinshasa. Pan Afr Med J. 2021;40:211. 2021. Résumé (article en français).
Revue à comité de lecture · Mayombo Ngoussou E, Dikoumba AC, Mambu M, et al. Characterization of resistance to last-line therapeutic molecules and genetic diversity of Klebsiella spp. strains involved in urinary tract infections in women: the case of Hôpital d'Instruction des Armées Omar Bongo Ondimba. J Med Microbiol. 2026;75(8). 2026. Résumé. Étude au Gabon (Libreville).
Revue à comité de lecture · Workneh M, Katz MJ, Lamorde M, Cosgrove SE, Manabe YC. Antimicrobial resistance of sterile site infections in sub-Saharan Africa: a systematic review. Open Forum Infect Dis. 2017;4(4):ofx209. 2017. Résumé.
Revue à comité de lecture · Lakoh S, Yi L, Russell JBW, et al. High incidence of catheter-associated urinary tract infections and related antibiotic resistance in two hospitals of different geographic regions of Sierra Leone: a prospective cohort study. BMC Res Notes. 2023;16(1):301. 2023. Résumé.
Revue à comité de lecture · de Souza HD, Diório GRM, Peres SV, Francisco RPV, Galletta MAK. Bacterial profile and prevalence of urinary tract infections in pregnant women in Latin America: a systematic review and meta-analysis. BMC Pregnancy Childbirth. 2023;23(1):774. 2023. Résumé. Données d'Amérique latine, non africaines.
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Fiche mise à jour le 6 octobre 2026. Prochaine révision au plus tard le 6 octobre 2028.