Cryptosporidiose

Définition

La cryptosporidiose est une maladie diarrhéique provoquée par des parasites microscopiques du genre Cryptosporidium. Elle se manifeste surtout par une diarrhée aqueuse, fréquente et prolongée, parfois accompagnée de crampes, de nausées, de vomissements et de fièvre ^[3]. Le parasite vit dans l'intestin et se transmet par les selles ^[2].

Elle touche surtout l'intestin grêle ; elle peut aussi atteindre, plus rarement, les voies biliaires, le pancréas ou les poumons, en particulier chez les personnes dont les défenses immunitaires sont affaiblies ^[2,9].

Causes et mécanisme

De nombreuses espèces de Cryptosporidium peuvent infecter l'être humain. C. parvum et C. hominis sont les deux principales causes de cryptosporidiose humaine ; d'autres espèces (par exemple C. meleagridis, C. felis, C. canis, C. cuniculus) peuvent aussi en être responsables ^[2].

Les espèces dites zoonotiques passent de l'animal à l'être humain ; les autres sont adaptées à l'être humain, sans preuve de transmission depuis l'animal ^[2].

Le parasite s'installe dans les cellules qui tapissent l'intestin, le plus souvent au niveau de la bordure en brosse, où il se multiplie. Il produit des oocystes à paroi épaisse, éliminés dans les selles, et des oocystes à paroi mince, qui entretiennent une auto-infection à l'intérieur du même malade ^[2].

Transmission et facteurs de risque

L'infection se transmet par voie féco-orale : l'être humain avale des oocystes déjà sporulés, rejetés dans les selles d'une personne ou d'un animal infecté. La transmission se fait surtout par l'eau contaminée (eau de boisson ou eau de loisirs) ou par des aliments contaminés (par exemple du lait cru), ou par contact direct avec des animaux ou des personnes infectées ^[2].

Il existe plusieurs façons de s'infecter ^[4] :

• avaler de l'eau contaminée (piscines, lacs) ou une boisson ou de la glace contaminées ^[4] ;
• manger un aliment contaminé ^[4] ;
• porter à la bouche des mains souillées, après contact avec des objets contaminés, après avoir changé une couche, soigné une personne malade ou soigné un animal infecté (veau, agneau, chevreau) ^[4] ;
• mettre à la bouche un objet contaminé ^[4].

Selon le CDC, les personnes les plus exposées sont celles qui voyagent à l'étranger, se baignent ou se détendent dans des eaux de loisirs, les parents et autres personnes qui s'occupent d'enfants de 3 à 11 ans, les personnes en contact avec des veaux et celles exposées aux selles lors de rapports sexuels ^[4].

Épidémiologie

Cryptosporidium est reconnu comme une cause de diarrhée lors d'épidémies hydriques et chez les personnes immunodéprimées. Son poids mondial est probablement sous-estimé, et il est de plus en plus identifié comme une cause importante de maladie et de décès dans le monde, ainsi que de dénutrition de l'enfant ^[10].

Enfants des pays à ressources limitées. L'étude multicentrique GEMS, conduite chez des enfants de moins de 5 ans en Afrique subsaharienne et en Asie du Sud, a montré que la plupart des diarrhées modérées à sévères étaient attribuables à quatre agents : le rotavirus, Cryptosporidium, E. coli entérotoxinogène producteur de toxine thermostable (ST-ETEC) et Shigella ^[11].

Dans cette même étude, Cryptosporidium était associé à un risque accru de décès chez les enfants de 12 à 23 mois (rapport de risque 2,3) ^[11].

Personnes immunodéprimées. La cryptosporidiose est fréquente chez les personnes infectées par le VIH ; chez elles, le risque de forme prolongée, grave ou extra-intestinale est le plus élevé lorsque le déficit immunitaire est avancé (CD4 typiquement inférieurs à 100 cellules/mm³) ^[9,12].

Signes cliniques

Les symptômes apparaissent en général 2 à 10 jours après l'infection (7 jours en moyenne) ^[3]. Chez les personnes en bonne santé, la maladie dure en général 2 à 3 semaines, avec des extrêmes allant de quelques jours à 4 semaines ou plus ; les symptômes peuvent aller et venir pendant jusqu'à 30 jours ^[3].

• diarrhée aqueuse, fréquente et prolongée ^[3] ;
• crampes ou douleurs de l'estomac, nausées, vomissements ^[3] ;
• fièvre, perte de poids, déshydratation ^[3].

Chez la personne infectée par le VIH, la maladie débute de façon aiguë ou subaiguë par une diarrhée aqueuse, des nausées, des vomissements et des crampes du bas-ventre ; la fièvre est présente chez environ un tiers des malades et la malabsorption est fréquente ^[9].

Signes de gravité

Les personnes immunodéprimées (infection par le VIH, patients atteints de cancer ou transplantés sous traitement immunosuppresseur, maladies héréditaires de l'immunité) risquent une forme plus grave et plus longue ^[3,7]. Chez elles, la maladie peut entraîner une malabsorption et un amaigrissement pouvant mettre la vie en danger ^[2].

Chez les personnes infectées par le VIH, l'épithélium des voies biliaires et du canal pancréatique peut être infecté, avec cholangite sclérosante et pancréatite par sténose de la papille ; des atteintes pulmonaires ont aussi été rapportées ^[9].

La perte rapide de liquides par la diarrhée peut mettre la vie en danger, en particulier chez les enfants de moins d'un an ; les jeunes enfants et les femmes enceintes se déshydratent plus facilement ^[7].

Chez l'enfant, des signes de déshydratation grave (somnolence ou perte de connaissance, yeux enfoncés, incapacité à boire ou boit mal, pli cutané qui s'efface très lentement) imposent une consultation médicale urgente ^[1].

Diagnostic

Diagnostic clinique

Aucun signe ne permet de reconnaître la cryptosporidiose avec certitude : la diarrhée aqueuse qu'elle provoque ressemble à celle de nombreuses autres infections intestinales, et seul l'examen des selles permet de l'affirmer ^[5,11].

La cryptosporidiose est à évoquer devant une diarrhée aqueuse qui dure, surtout chez un jeune enfant, une personne vivant avec le VIH ou une personne ayant bu une eau douteuse ou fréquenté des eaux de loisirs ^[3,4,9,11].

L'OMS qualifie de persistante une diarrhée qui dure 14 jours ou plus ; Cryptosporidium fait partie des parasites cités parmi les causes de diarrhée ^[1].

Examens biologiques

Le diagnostic repose sur la mise en évidence du parasite dans les selles. Historiquement, la recherche de Cryptosporidium n'est pas faite d'office dans la plupart des laboratoires : le soignant doit la demander expressément ^[5].

• Microscopie après coloration acido-résistante (Ziehl-Neelsen modifiée) : les oocystes sont ronds et mesurent 4,2 à 5,4 µm. La coloration au trichrome ne suffit pas pour un diagnostic certain, car les oocystes y apparaissent non colorés ^[2,5].
• Immunofluorescence directe (DFA) et dosage immunoenzymatique (EIA) : tests sur les selles qui détectent le parasite grâce à des anticorps ^[2,5].
• PCR et panels moléculaires : tests d'ADN de plus en plus utilisés dans les laboratoires de référence ; un panel peut chercher en même temps plusieurs bactéries, virus et parasites responsables de diarrhée, dont Cryptosporidium ^[5,9].
• Biopsie intestinale : la cryptosporidiose peut aussi être diagnostiquée sur de petits fragments de tissu prélevés dans l'intestin ^[9].

Le parasite n'est pas éliminé en continu dans les selles. Pour le détecter, le soignant peut demander des selles sur trois jours ^[5]. Chez le malade infecté par le VIH, un seul prélèvement suffit habituellement en cas de diarrhée abondante, alors que des prélèvements répétés sont recommandés pour une forme plus légère ^[9].

Les examens de laboratoire courants ne distinguent pas les espèces ou génotypes de Cryptosporidium ; seules des techniques d'empreinte génétique de laboratoires spécialisés le permettent, et elles ne sont pas nécessaires au diagnostic courant ^[5].

Une infection en voie de guérison peut s'accompagner d'oocystes « fantômes » qui ne prennent plus la coloration acido-résistante : une coloration variable est possible ^[2].

Tests de diagnostic rapide

Des tests de diagnostic rapide immunochromatographiques détectant des antigènes du parasite dans les selles existent dans le commerce ^[2]. Ils sont considérés comme utiles, au même titre que les tests immunoenzymatiques, dans le diagnostic chez les personnes infectées par le VIH ^[9].

Le manque d'outil diagnostique simple et adapté aux pays à ressources limitées contribue à sous-estimer le poids réel de l'infection ^[10].

Diagnostic différentiel

La diarrhée aqueuse de la cryptosporidiose ressemble à celle d'autres infections intestinales ; l'examen des selles, ou un panel moléculaire qui recherche plusieurs germes à la fois, permet de faire la différence ^[5,11].

Évolution, complications et pronostic

Chez la personne en bonne santé, la diarrhée guérit en général seule en 2 à 3 semaines, avec des extrêmes allant de quelques jours à 4 semaines ou plus ; les symptômes peuvent aller et venir pendant jusqu'à 30 jours ^[3,7].

Chez la personne immunodéprimée, la maladie est plus longue et plus grave. Chez la personne infectée par le VIH, la restauration de l'immunité par le traitement antirétroviral peut diminuer ou faire disparaître les symptômes ; mais même quand les symptômes disparaissent, la cryptosporidiose n'est souvent pas guérie, et les symptômes peuvent reprendre si l'immunité se dégrade de nouveau ^[7].

Chez les enfants des pays à ressources limitées, la cryptosporidiose est liée à une diarrhée persistante, à la dénutrition et à une mortalité accrue ^[10,11].

Traitement

La plupart des personnes en bonne santé guérissent sans traitement spécifique. Le traitement vise d'abord à compenser les pertes de liquides ^[7].

• Réhydratation : boire abondamment pour prévenir la déshydratation ; chez l'enfant, la diarrhée se traite par une solution de réhydratation orale (SRO), à laquelle l'OMS associe une cure de comprimés de zinc dispersibles qui raccourcit la diarrhée et améliore l'évolution ^[1,7]. Chez le nourrisson, les options de réhydratation doivent être discutées avec le soignant ^[7].
• Médicaments contre la diarrhée (anti-diarrhéiques) : ils peuvent ralentir la diarrhée, mais un soignant doit être consulté avant d'en prendre ^[7].
• [[m:nitazoxanide|Nitazoxanide]] : antiparasitaire approuvé aux États-Unis par la FDA pour traiter la diarrhée due à Cryptosporidium chez les personnes en bonne santé âgées d'au moins 1 an, sur ordonnance ^[6,7]. Une revue Cochrane de 2007 (sept essais, 169 participants, surtout des adultes atteints du sida) n'a pas montré de réduction de la durée ou de la fréquence de la diarrhée sous nitazoxanide ou paromomycine par rapport au placebo ; l'élimination des oocystes était plus fréquente sous nitazoxanide chez les enfants, mais pas de façon significative chez les participants séropositifs pour le VIH ^[12].
• Si les symptômes persistent, le soignant peut refaire un examen des selles au moins une semaine après la fin du traitement, et seulement dans ce cas ; des cures plus longues peuvent alors être envisagées, mais les symptômes persistants peuvent aussi traduire une réinfection ou une autre cause ^[6].

Personnes immunodéprimées. La nitazoxanide n'est pas approuvée dans cette situation : elle n'a pas été démontrée supérieure au placebo chez les personnes infectées par le VIH ou immunodéprimées ^[6]. Les recommandations américaines pour les adultes infectés par le VIH reposent sur la restauration immunitaire par le traitement antirétroviral (objectif : CD4 supérieurs à 100 cellules/mm³) et sur les soins de soutien (réhydratation par voie orale ou intraveineuse, correction des pertes d'électrolytes, traitement symptomatique de la diarrhée) ^[9]. Chez les adultes infectés par le VIH ayant plus de 50 CD4/mm³, la nitazoxanide a donné plus de guérisons parasitologiques et de disparitions de la diarrhée que le placebo, mais son efficacité n'a pas été confirmée chez les enfants infectés par le VIH dans deux essais randomisés ^[9].

Une revue de synthèse conclut qu'il n'existe pas d'agent à l'efficacité démontrée contre la cryptosporidiose chez l'immunodéprimé, et que les médicaments en développement n'ont pas encore de méthodes d'évaluation standardisées ^[10,12].

Médicaments de la base cités dans cette fiche

• Sels de réhydratation orale (SRO) (Traitement de base de la déshydratation causée par la diarrhée)
• Sulfate de zinc (Supplément associé aux SRO dans la diarrhée de l'enfant)
• Nitazoxanide (Antiparasitaire indiqué contre la diarrhée à Cryptosporidium chez la personne en bonne santé)

Prévention

Le meilleur moyen d'éviter la propagation à la maison est une bonne hygiène : se laver les mains à l'eau et au savon, en particulier après être allé aux toilettes, après avoir changé une couche et avant de manger ou de préparer aliments, boissons ou glaçons ; les gels hydro-alcooliques ne sont pas efficaces contre Cryptosporidium ^[8].

Eau de boisson. Ne pas boire d'eau non traitée provenant de lacs, de rivières, de sources, d'étangs, de cours d'eau ou de puits peu profonds, ni utiliser de glaçons faits avec cette eau. Si la sécurité de l'eau est douteuse, utiliser de l'eau en bouteille du commerce, de l'eau bouillie pendant au moins 1 minute puis refroidie, ou un filtre conçu pour retenir Cryptosporidium (étiquette « NSF 53 » ou « NSF 58 », ou pores de 1 micron au plus) ^[8].

Aliments. Boire seulement du lait pasteurisé, et ne pas consommer de fruits et légumes lavés avec une eau qui pourrait être contaminée ^[8].

Voyage. Dans les pays où l'eau peut ne pas être sûre, éviter l'eau et la glace insuffisamment traitées et les aliments crus ^[8].

Animaux et personnes à risque. Les personnes infectées par le VIH doivent se laver soigneusement les mains, éviter le contact direct avec les selles d'animaux de compagnie malades (ou porter des gants), limiter l'exposition aux veaux et aux agneaux, éviter d'avaler l'eau des piscines et lacs et de pratiquer des rapports sexuels exposant aux selles ^[9].

Aucun vaccin n'est mentionné comme disponible : plusieurs sont en développement ^[10]. La revue Cochrane souligne que l'absence de traitement efficace rend essentiel d'éviter l'infection, mais n'a trouvé aucune étude évaluant la prévention chez les personnes immunodéprimées ^[12].

Quand consulter en urgence

Si vous avez une diarrhée aqueuse qui dure, avec crampes, nausées, vomissements, fièvre ou perte de poids, buvez beaucoup de liquides pour remplacer ce que la diarrhée fait perdre ; donnez aux enfants une solution de réhydratation orale, et demandez conseil à un soignant ^[1,3,7].

Ne prenez pas de médicament contre la diarrhée sans avis d'un soignant ^[7].

Consultez rapidement, sans attendre : chez un enfant, somnolence ou perte de connaissance, yeux enfoncés, incapacité à boire ou boit très mal, ou pli de peau qui s'efface très lentement ; chez tout nourrisson de moins d'un an qui a une diarrhée ^[1,7].

Si vous êtes infecté par le VIH, avez un traitement qui affaiblit l'immunité, ou si la diarrhée se prolonge ou revient, consultez dès les premiers signes : la maladie peut être longue et grave dans ces situations. Précisez au médecin que vous avez une diarrhée qui dure, afin qu'il demande la recherche de Cryptosporidium dans vos selles ^[5,7,9].

Pour vous protéger et protéger votre entourage, lavez-vous les mains à l'eau et au savon et ne buvez que de l'eau sûre (bouillie au moins 1 minute, en bouteille ou filtrée) ^[8].

Maladies associées

• Diarrhée aiguë de l'enfant
• Infection à VIH et sida
• Malnutrition aiguë de l'enfant

Sources et mise à jour

1. OMS · Organisation mondiale de la Santé. Diarrhoeal disease (aide-mémoire). 2024. Version du 7 mars 2024.
2. Référence professionnelle · Centers for Disease Control and Prevention. DPDx - Cryptosporidiosis. 2024. Dernière révision le 3 juin 2024.
3. Référence professionnelle · Centers for Disease Control and Prevention. Symptoms of Crypto. 2025. Dernière révision le 16 juin 2025.
4. Référence professionnelle · Centers for Disease Control and Prevention. How Crypto Spreads. 2025. Dernière révision le 8 mai 2025.
5. Référence professionnelle · Centers for Disease Control and Prevention. Clinical Testing and Diagnosis for Crypto. 2025. Dernière révision le 27 mai 2025.
6. Référence professionnelle · Centers for Disease Control and Prevention. Clinical Care of Crypto. 2025. Dernière révision le 25 juin 2025.
7. Référence professionnelle · Centers for Disease Control and Prevention. Treating Crypto. 2025. Dernière révision le 4 juin 2025.
8. Référence professionnelle · Centers for Disease Control and Prevention. Preventing Crypto. 2025. Dernière révision le 8 mai 2025.
9. Référence professionnelle · National Institutes of Health (Guidelines for the Prevention and Treatment of Opportunistic Infections in Adults and Adolescents with HIV). Cryptosporidiosis: Adult and Adolescent OIs. 2026. Dernière révision le 16 mars 2026.
10. Revue à comité de lecture · Checkley W, et al. A review of the global burden, novel diagnostics, therapeutics, and vaccine targets for cryptosporidium. Lancet Infect Dis. 2015;15(1):85-94. 2015.
11. Revue à comité de lecture · Kotloff KL, et al. Burden and aetiology of diarrhoeal disease in infants and young children in developing countries (the Global Enteric Multicenter Study, GEMS): a prospective, case-control study. Lancet. 2013;382(9888):209-222. 2013.
12. Revue à comité de lecture · Abubakar I, et al. Prevention and treatment of cryptosporidiosis in immunocompromised patients. Cochrane Database Syst Rev. 2007;(1):CD004932. 2007.

Fiche mise à jour le 10 octobre 2026. Prochaine révision au plus tard le 10 octobre 2028.