Microsporidiose

Définition

La microsporidiose est une infection causée par les microsporidies, des parasites qui ne peuvent vivre qu'à l'intérieur des cellules de leur hôte (parasites intracellulaires obligatoires). On en connaît environ 220 genres et 1 700 espèces ^[2].

Les analyses génétiques rapprochent les microsporidies des champignons, même si elles sont traditionnellement étudiées en parasitologie ^[2,9].

L'infection survient chez des personnes dont l'immunité est normale comme chez des personnes immunodéprimées (infection à VIH avancée, greffe d'organe, traitements qui freinent l'immunité) ; la forme chronique et grave touche surtout ces dernières ^[2,1].

Causes et mécanisme

Les espèces le plus souvent en cause chez l'être humain appartiennent à plusieurs genres, dont Enterocytozoon et Encephalitozoon ^[1,3]. Enterocytozoon bieneusi est l'espèce la plus fréquemment identifiée dans les infections humaines ^[3,5].

Le tableau clinique dépend de l'espèce ^[1] :

• E. bieneusi : malabsorption, diarrhée et atteinte des voies biliaires (cholangite) ^[1] ;
• Encephalitozoon intestinalis : diarrhée, infection disséminée et atteinte superficielle de l'œil et de la conjonctive (kératoconjonctivite) ^[1] ;
• Encephalitozoon cuniculi : hépatite, encéphalite et infection disséminée ^[1] ;
• Encephalitozoon hellem : kératoconjonctivite, sinusite, atteinte respiratoire, abcès de la prostate et infection disséminée ^[1].

D'autres genres (Anncaliia, Vittaforma, Trachipleistophora, Pleistophora, Nosema) sont associés à des atteintes de l'œil, du muscle (myosite) ou du cerveau ^[1].

Transmission et facteurs de risque

Les microsporidies peuvent se transmettre par l'eau et les aliments ; elles infectent un grand nombre d'animaux (invertébrés et vertébrés) et sont vraisemblablement des agents de zoonose ^[2].

Des grappes d'infections ont aussi été observées après la transplantation d'organes porteurs d'une infection latente ^[2].

Chez les personnes vivant avec le VIH, les précautions recommandées visent les sources d'eau non traitée, les viandes ou fruits de mer insuffisamment cuits et les animaux connus pour être infectés ^[1]. Les études d'Afrique centrale citent l'exposition à l'eau de surface et le contact avec des porcs d'élevage parmi les facteurs associés aux parasites intestinaux opportunistes, dont les microsporidies ^[8].

Pour prévenir les infections parasitaires intestinales opportunistes, il est recommandé d'éliminer correctement les selles, afin d'éviter la contamination du sol et de l'eau, de faire bouillir ou filtrer l'eau de boisson et de soigner l'hygiène personnelle ^[6].

Épidémiologie

Une infection opportuniste. L'infection humaine semble surtout liée à la présence d'un nombre croissant de personnes immunodéprimées ^[10]. Elle a été décrite chez des personnes infectées par le VIH, mais aussi chez des voyageurs, des enfants, des transplantés et des personnes âgées ^[5].

Chez les personnes vivant avec le VIH. Une méta-analyse de 131 études estime à 11,8 % (intervalle de confiance à 95 % : 10,1-13,4 %) la proportion de personnes infectées par le VIH porteuses de microsporidies. La fréquence est faible dans les pays à revenu élevé et élevée chez les personnes ayant de la diarrhée ^[7].

Effet des antirétroviraux. Aux États-Unis, où les associations d'antirétroviraux sont largement utilisées, la fréquence de la microsporidiose a diminué chez les personnes atteintes du sida ; l'infection persiste toutefois dans le monde et se voit encore lorsque le nombre de CD4 reste bas malgré le traitement ^[2].

Afrique centrale (pays voisin). À Kinshasa (République démocratique du Congo), une étude menée chez 242 patients infectés par le VIH a trouvé E. bieneusi chez 7,8 % d'entre eux et E. intestinalis chez 0,4 % ; les patients porteurs de parasites intestinaux opportunistes avaient le plus souvent de la diarrhée, moins de 100 CD4 par mm³ et pas de traitement antirétroviral ^[8].

Signes cliniques

La forme la plus fréquente est digestive : diarrhée chronique et malabsorption ^[1,3], avec amaigrissement ^[4]. Chez les personnes atteintes du sida, la microsporidiose digestive est une cause importante de diarrhée et d'amaigrissement ^[4].

Selon l'espèce et l'état des défenses de la personne, l'infection peut aussi toucher ^[1,2] :

• l'œil (kératoconjonctivite, kératite) ^[1,2] ;
• les sinus (sinusite) et les voies respiratoires ^[1,2] ;
• la vésicule et les voies biliaires (cholécystite, cholangite) ^[1,2] ;
• le muscle (myosite) ^[1,2] ;
• le cerveau (encéphalite), le foie (hépatite) ou plusieurs organes à la fois (forme disséminée) ^[1,2].

Signes de gravité

La diarrhée chronique des microsporidioses représente un risque important de décès chez les personnes dont les défenses immunitaires sont affaiblies ^[3].

Une diarrhée qui dure chez une personne vivant avec le VIH, surtout avec amaigrissement, doit conduire à consulter sans attendre : elle peut traduire une immunodépression avancée ^[4,6].

Diagnostic

Diagnostic clinique

Le diagnostic ne peut pas se faire sur les seuls symptômes : la microsporidiose ressemble aux autres diarrhées chroniques des personnes immunodéprimées (voir le diagnostic différentiel) ^[6,4].

Il faut y penser devant une diarrhée prolongée et inexpliquée avec amaigrissement chez une personne dont l'immunité est affaiblie, en particulier une personne infectée par le VIH avec un nombre de CD4 bas ^[6,8], ou devant une atteinte d'organe évocatrice (œil, voies biliaires, muscle, cerveau) ^[1].

Examens biologiques

Examen des selles avec colorations spéciales. Le diagnostic repose d'abord sur la recherche des spores au microscope dans les selles et d'autres liquides du corps ^[9]. Le chromotrope 2R et les azurants fluorescents (calcofluor white, Uvitex 2B) sont des colorations utiles ^[1]. En cas de maladie digestive, l'examen de trois échantillons de selles avec ces colorations est souvent suffisant ^[1].

Biopsie. Si les selles sont négatives alors que la maladie est suspectée, une biopsie de l'intestin grêle peut être utile ; sur les prélèvements, d'autres colorations (Giemsa, Gram sur tissu, argent de Warthin-Starry) sont employées ^[1].

Urines. Pour Encephalitozoon ou Trachipleistophora, l'examen des urines peut aussi révéler le parasite ^[1].

Biologie moléculaire (PCR). Elle permet de préciser l'espèce, avec des amorces propres à une espèce ou à un genre ^[1] ; la PCR, l'immunofluorescence et la microscopie électronique permettent l'identification de l'espèce ^[9]. L'élimination des spores dans les selles pouvant être irrégulière, un seul examen négatif n'exclut pas l'infection ^[5].

Les examens parasitologiques ordinaires des selles ne suffisent pas : il faut demander expressément la recherche de microsporidies, car des colorations spéciales sont nécessaires ^[1,6].

Diagnostic différentiel

Plusieurs parasites provoquent une diarrhée chronique chez les personnes immunodéprimées ; seul l'examen de laboratoire permet de les distinguer ^[6].

Une atteinte d'un autre organe (œil, sinus, muscle, cerveau) demande de rechercher la microsporidiose en plus des causes habituelles de l'organe concerné ^[1].

Évolution, complications et pronostic

Chez les personnes dont les défenses sont très affaiblies, l'infection digestive devient chronique et s'accompagne d'une perte de poids ; elle peut être mortelle ^[3,4].

La restauration de l'immunité change l'évolution : sous traitement antirétroviral, une remontée du nombre de CD4 au-dessus de 100 par mm³ est associée à la disparition des symptômes de la microsporidiose digestive, y compris celle due à E. bieneusi ^[1,4].

L'albendazole n'a qu'une efficacité limitée contre E. bieneusi, l'espèce la plus fréquente ; la restauration immunitaire garde donc une place centrale dans le traitement ^[2,3].

Traitement

Le traitement dépend de l'espèce en cause et de l'état immunitaire du malade ^[1,2].

• Traitement antirétroviral. Il est proposé à toute personne infectée par le VIH dès la prise en charge initiale de la microsporidiose : en restaurant l'immunité, il permet à l'organisme d'éliminer les microsporidies ^[1]. Voir la fiche infection par le VIH.
• Soutien hydrique. En cas de diarrhée et de déshydratation, l'apport de liquides fait partie de la prise en charge initiale ^[1].
• [[m:albendazole|Albendazole]]. Il est recommandé pour le traitement initial des formes digestives et disséminées dues aux microsporidies autres que E. bieneusi et Vittaforma corneae ^[1]. Il est efficace contre E. intestinalis, mais les benzimidazoles n'ont pas montré d'efficacité pour E. bieneusi ^[4,2].
• Fumagilline. Pour l'infection à E. bieneusi, la fumagilline par voie orale (ou son analogue TNP-470) a montré son efficacité dans un essai contrôlé ; par voie locale (collyre), elle est utilisée dans les atteintes oculaires, associée à l'albendazole par voie générale ^[1,4]. Elle a un spectre d'action plus large que l'albendazole ^[3]. Elle ne figure pas dans la base de médicaments de Africa Medical Data ^[1].

Médicament de la base Africa Medical Data : albendazole ^[1].

Les posologies et les durées de traitement ne figurent pas dans cette fiche : elles dépendent de l'espèce, du siège de l'infection et de l'état immunitaire, et sont données dans la fiche du médicament et par les directives nationales de prise en charge du VIH ^[1].

Médicaments de la base cités dans cette fiche

• Albendazole (Traitement des microsporidioses dues à des espèces autres qu'Enterocytozoon bieneusi)

Prévention

Prévenir l'immunodépression. La microsporidiose chronique survient surtout en cas d'immunodépression avancée : un traitement antirétroviral commencé avant que les défenses ne soient très affaiblies devrait prévenir la maladie ^[1]. Voir infection par le VIH.

Mesures d'hygiène pour les personnes vivant avec le VIH dont les CD4 sont inférieurs à 200 par mm³ ^[1] :

• éviter les sources d'eau non traitée ^[1] ;
• se laver soigneusement les mains et soigner l'hygiène personnelle ^[1] ;
• éviter les viandes et fruits de mer insuffisamment cuits ^[1] ;
• limiter le contact avec les animaux connus pour être infectés par les microsporidies ^[1].

Eau et excréments. Éliminer les selles en toute sécurité, faire bouillir ou filtrer l'eau de boisson et respecter l'hygiène personnelle réduisent le risque d'infection par les parasites intestinaux opportunistes ^[6].

Quand consulter en urgence

Si vous avez une diarrhée qui dure plusieurs semaines, surtout avec une perte de poids, et que vous vivez avec le VIH ou que vos défenses sont affaiblies (greffe, traitement qui freine l'immunité), consultez un médecin sans attendre ^[4,6].

Consultez rapidement si la diarrhée s'accompagne d'une bouche très sèche, d'une grande faiblesse, d'un amaigrissement marqué, ou si vous avez en même temps une atteinte de l'œil (rougeur, douleur) ou une toux persistante avec sinusite. Précisez toujours votre infection par le VIH si vous la connaissez ^[1,3].

Demandez au laboratoire une recherche spécifique de microsporidies dans les selles : elle exige des colorations spéciales qui ne font pas partie de l'examen habituel ^[1,6].

Si vous prenez un traitement antirétroviral, continuez-le sans interruption : il aide l'organisme à éliminer l'infection ^[1].

Maladies associées

• Infection à VIH et sida
• Cryptosporidiose
• Diarrhée aiguë de l'enfant

Sources et mise à jour

1. Référence professionnelle · National Institutes of Health (Guidelines for the Prevention and Treatment of Opportunistic Infections in Adults and Adolescents with HIV). Microsporidiosis: Adult and Adolescent OIs. 2026. Page mise à jour le 14 novembre 2023, relue le 16 mars 2026.
2. Revue à comité de lecture · Han B, Pan G, Weiss LM. Microsporidiosis in Humans. Clin Microbiol Rev. 2021;34(4):e0001020. 2021. Résumé.
3. Revue à comité de lecture · Han B, Weiss LM. Therapeutic targets for the treatment of microsporidiosis in humans. Expert Opin Ther Targets. 2018;22(11):903-915. 2018. Résumé.
4. Revue à comité de lecture · Conteas CN, Berlin OG, Ash LR, Pruthi JS. Therapy for human gastrointestinal microsporidiosis. Am J Trop Med Hyg. 2000;63(3-4):121-127. 2000. Résumé.
5. Revue à comité de lecture · Didier ES, Weiss LM. Microsporidiosis: current status. Curr Opin Infect Dis. 2006;19(5):485-492. 2006. Résumé.
6. Revue à comité de lecture · De A. Current laboratory diagnosis of opportunistic enteric parasites in human immunodeficiency virus-infected patients. Trop Parasitol. 2013;3(1):7-16. 2013. Résumé.
7. Revue à comité de lecture · Wang ZD, et al. Prevalence of Cryptosporidium, microsporidia and Isospora infection in HIV-infected people: a global systematic review and meta-analysis. Parasit Vectors. 2018;11(1):28. 2018. Résumé.
8. Revue à comité de lecture · Wumba R, et al. Epidemiology, clinical, immune, and molecular profiles of microsporidiosis and cryptosporidiosis among HIV/AIDS patients. Int J Gen Med. 2012;5:603-611. 2012. Résumé. Étude menée à Kinshasa (République démocratique du Congo).
9. Revue à comité de lecture · Angitha KP, Verma N, Mirdha BR. Microsporidiosis: An emerging opportunistic parasitic infection. Trop Parasitol. 2026;16(1):3-19. 2026. Résumé.
10. Revue à comité de lecture · Stentiford GD, et al. Microsporidia - Emergent Pathogens in the Global Food Chain. Trends Parasitol. 2016;32(4):336-348. 2016. Résumé.

Fiche mise à jour le 11 octobre 2026. Prochaine révision au plus tard le 11 octobre 2028.